為了保護與維持生物多樣性、自然、以及與之相互依存的文化資源，設置保護區已是世界潮流。然而，如何對有效的經營管理，已達成設置保護區的目的，一直是生態保育界重要的課題，例如身為國際最大保育組織之一的世界自然保育聯盟（IUCN），每10年會舉辦一次「世界保護區大會」，深度探討相關議題。而在台灣，保護區議題的重要性，也可從日前舉行的「2008保護區經營管理暨生物多樣性國際會議」看出端倪。
同時在該場會議中，有來自世界各地的保育學者與會，探討了當前在生物多樣性持續迅速銳減、全球暖化等因素衝擊下，國內保護區設置與經營管理所面對的問題，以及國際保護區發展趨勢與運作模式。
這場由農委會林務局及台灣大學地理環境資源學系於9月2、3兩日舉辦的會議，主辦單位依據「生物多樣性公約」保護區工作計畫（Programme of Work, PoW）中的四個主要項目（Programme Elements）安排研討會議程，分別為：一、保護區系統（Protected Area System）；二、治理、參與、公平性與利益共享（Governance, Participation, Equity, Benefit Sharing）；三、強化能力；四、標準、評估與監測（Standard, Assessment and Monitoring）。
保護區體系涉及不同的主管機關與法令
保護區根據其成立目的之不同，分別有不同的經營管理模式，並受不同法令規範，在台灣，四大類類保護區包括「自然保留區」、「野生動物保護區及野生動物重要棲息環境」、「國家公園」與「自然保護區」，各自受到文化資產保存法、野生動物保育法、國家公園法森林法等法令管理，但在經營管理中尚有管理單位權責劃分不明確或是法令規範不夠周全的問題。
林務局保育組簡任技正劉瓊蓮與農委會特有生物保育中心動物組組長鄭錫奇，分別提到在自然保留區中經營管理的問題。例如，在文化資產保存法第84條中規定：「自然保留區禁止改變或破壞其原有自然狀態」；然而，紅樹林保留區中由於水筆仔的族群擴散迅速，使得附近溼地有逐漸陸化的傾向，是否應人工移除部份水筆仔？又如九二一地震後，「台灣一葉蘭自然保留區」的族群數量大量減少，對於地震後裸露地上之日照需求量高的先驅植物，是否應該加以修剪，以增加一葉蘭之光照？類似的例子，都成為經營管理上需考量的難題。
林業試驗所所長黃裕星建議，針對上述問題除了修法外，採用「適應性管理」（adaptive management）應是可行的方向之一。
跨越疆界的保護區形式
雖然保護區成立的目的是維護生物的棲地環境，但是仍有「孤島效應」（island effect）的可能，特別是在氣候變遷的影響下，若溫度持續上升，會造成高山地形產生地理隔閡。
因應此問題，IUCN保護區委員會山區生態系副主席渥伯（Graeme Worboys）提出Y2Y廊道（Yellowstone to Yukon corridor）構想，將保護區由美國的黃石國家公園延伸到加拿大的育空地區，這樣大型的生態廊道，不但可以讓野生動物在全球暖化的壓力下有空間可以自由遷徙，也保育了生態系統的連續性。
在台灣，則於2000年也完成「中央山脈保育軸」之建構，以連結現有14個保護區，來自日本的吉田正人（Masahito Yoshida）教授分享在日本進行的間隙分析（Gap Analysis），更全面的進行保護區劃設，以達生物多樣性公約保護區工作計畫（CBD PoW）的規劃中，陸域於2010年，海域於2012年，完成有效且全面性的保護區規劃網絡。
經營管理者的多元性
早期保護區的設置與經營管理都是由政府推動，香港前農漁自然署助理署長王福義提到香港保護區站陸域面積約38%，其中絕大多數都是在1996年前由政府主導設置。王福義提到，最佳的保護區模式事先保護，再研究，有了足夠資訊以及了解後，最後才進行使用規劃；但蠻野心足理事長林子淩表示，台灣經驗常常是倒過來的，先有開發使用，才開始進行研究調查，最後才進行保育的工作，常常需要更多更長的時間進行後續的溝通與彌補的工作。因此，在進行生物多樣性與保護區保育工作中，「時間」點掌握非常重要。
近年來，開發壓力越來越大，保護區的劃設也相對越顯困難，但保護區的行程模式也開始改變，越來越多的民間團體加入，民眾也開始有管道表達意見，於是參與式的經營管理模式逐漸成形。
台灣大學森林環境暨資源學系助理教授盧道杰進行社區林業工作多年，如宜蘭無尾港野生動物保護區自1993年劃設至今，各權利義務人已有互動對話平台及機制，是朝像未來「共管保護區」的重要里程。來自印度的巴特（Seema Bgatt）女士是「原住民、在地社區；公平和保護區論壇」（TILCEPA）的成員，除了以保育目的為分類依據的世界自然保育聯盟標準（IUCN Category）外，他也將保護區依不同「治理」（Governance）機制分為政府（Government）、共管（Co-managed）、私有（Private）以及社區（Community）四類，顯示未來在保護區的經營管理上更有彈性更多元的方式，如台灣大學生命科學系教授李玲玲提到，未來的保護區模式不將僅僅是由上而下（Top Down）或是由下而上（Bottom Up），應是兩者並行，以適應各地區環境及人文條件的多樣性。
經營管理成效評估
在台灣有已有近30年的保護區經營管理經驗，而這些保護區是否已有實質成效？
長榮大學土地管理與開發學系助理教授蘇振綱針對7座國家公園進行永續性評價（sustainability Assessment），結果顯示在環境威脅、經營管理、土地使用、自然資源與設施服務5項指標中，根據不同角色為對象所進行的調查結果會有差異，在農委會特生中心則是利用生物性調查，進行保留區多年來變遷的調查。
另外，來自韓國中洲大學（Chungju National University）的鐘教授（Heuk-Jin Chung）介紹韓國正在進行的「管理有效性評估」（Management Effectiveness Evaluation）方式；日本環境省自然環境局生物多樣性中心主任鳥居敏男（Toshio Torii），指出，自2003年起，日本生物多樣性中心開始進行「Monitoring Sites 1000」計畫，在1000個試驗區中，每5年進行定期調查，以長期進行生態系監測。
關於保護區的劃設與經營管理，世界自然保育聯盟（IUCN）已有相關系列原則及架構出版品可供參考，然而同樣的標準是不是適用於每個國家及地區，以及如何將暨有的準則內化，仍須經過實際操作後，進行討論與研究的。大會主席台灣大學地理環境資源學系王鑫教授表示，藉由研討會進行國際交流，討論問題與交換意見，提升台灣生物多樣性及保護區保育的經營管理品質與成效。保育工作是全球性的，跨越疆界的規劃與溝通會是成功的要件。
