此次高屏溪流域成為主要災區，洶湧土石流造成上中游地區數個村落遭到掩埋，這麼龐大的土石從何而來？第一是曾文水庫越域引水工程棄土，這個工程是準備從荖濃溪築一條二十公里的引水管路，引荖濃溪水源經過旗山溪到曾文水庫儲放，其中十四公里屬於隧道工程，分別從桃源鄉和三民鄉兩端開始開挖，從2006年施工至今產生大量土方，大量土方置放在工地，八八水災遭到洪水沖刷到中游。
第二是地震造成土石鬆動，容易隨著洪水沖刷而下。早年遇到颱風豪雨時，高屏溪的水濁度不超過一萬度，近年來因為山林水土保持不佳，加上921地震、越域引水隧道工程以炸藥炸山，加上七月底二度地震，造成上游土石鬆動，原水濁度不斷攀升，在八八風災當中達到五萬度的濁度。濁水其中有的微小粒子是自來水廠無法處理，需要加藥處理才會沉澱，將造成自來水水質更加惡劣。
第三個原因是水利署建築攔沙壩阻擋土石在上游，原意在幫助河床回填高度，卻變成遇豪雨沖刷而下。高屏溪砂石被視為品質精良的建築砂石來源，造成過去高屏溪盜採砂石嚴重，河床超挖，因此為了幫助河床回填正常深度，水利署在中上游多處施作多處攔砂壩，卻在豪雨沖刷往下傾瀉。
過去高屏溪的河床本是變動不停的，一直到日治時期才築堤固定河川水道。即便如此，早期民眾對於河床地仍是抱持戒慎恐懼的尊敬心理。台灣河川冬天是枯水期，因此容易露出大片的高灘地，以高屏溪來說就有數百公頃的土地可供利用。三十年前，農民會利用枯水期間到兩岸的高灘地耕作，遇到汛期來了，就撤走等待來年。可是近十年來，高屏溪的高灘地利用卻日漸擴大規模，民眾大興土地固坡，興建牢固的溫室、魚塭，束縮水道從原本一千多公尺寬的河床剩下二百公尺寬的深溝，造成對橋樑的沖刷。
河川高灘地就像是海綿一樣有滯洪的功能，其超限利用意味著河川兩岸土地對於洪水的調節能力降低。住在高屏溪畔的老人家說，以前高屏溪不論夏冬都有平緩的水量，豪雨過後一、二天水就會消退，不像現在澇旱差距這麼大，如今高屏溪河床往往冬天只剩下河床中深溝處有水，豪雨一來挾帶大量上游沖刷下來的泥土，幾天都不退，可見河岸周邊的土地涵養水源的能力大幅減退。
未來需檢討劃設土石流警戒區，嚴格稽查河川上游水土保持，特別是以合法掩蓋非法的森林盜伐和不當的農田、道路開闢現象。然而，僅是做好水土保持，仍未必能夠防範未來氣候變遷下的豪大雨趨勢，災區不應該再現地重建，重新評估河川漫流區域，還地於河。屏東大潮州人工湖利用台糖地作為蓄洪空間、高雄市也開闢本和里滯洪池減少水患，還地於河在法令、行政上非常艱難，卻是一條必須走的路。
水源開發要新思維
高屏溪的濁度升高問題嚴重衝擊自來水取得。大量泥沙造成大樹攔河堰取水設施和曹公圳灌溉水道都積滿淤泥，無法取水，大高雄地區遭停水。反之，九曲堂取用伏流水的設施則能正常供水，意味台灣水源開發思維應從取河川地表水、改為伏流水。在此情況之下，水利署還要在高屏溪上游開闢越域引水工程這種傳統河流表面水引用的作法，未來也可能面臨豪雨泥沙淤積引水隧道。
南部環保團體已經提出因應措施，建議水利署取水設施應走向二峰圳模式，在河床底部施作集水廊道，引用伏流水，既減少工程量體對於周邊環境及村落的衝擊，又能取得經過河床礫石過濾過的乾淨水源。
