2007年，印度Punjab 郊區數英里的Bt基改棉花田遭到粉介殼蟲的侵襲，Punjab地區四個主要的棉花種植地都嚴重受創。原本以為基改棉能帶來高額利潤，現在卻讓農民們背上龐大的債務。一直到2007年，Punjab地區約有60%的棉花農種植Bt基改棉，四大棉花生產地的Bt棉種植率更是幾乎100%。和印度其他地區如 Andhra Pradesh相比，Punjab的Bt棉的確有效地抵抗了美國棉鈴蟲的侵襲，殺蟲劑的噴灑次數也從本來的30次減少到5次以下。然而，侵襲棉花的害蟲起碼有165種以上，而且害蟲二度來襲的比例也相當高。在Andhra Pradesh地區，自2002年引進Bt棉花後，棉花遭到蚜蟲、薊馬蟲、葉蟬等蟲害的次數便逐漸攀升。煙草葉條紋病毒和煙草毛蟲等也出現成為新的Bt棉病蟲害。而且殺蟲劑在控制粉介殼蟲上也似乎不是那麼的有效。某些農民用手將Bt棉連根拔起，改種稻米以減少損失，不過稻米的價格很低，無法補償什麼。
像粉介殼蟲這種外來的且寄主範圍較大的害蟲，很容易就可以在新環境生存下來，因為新環境裡沒有它們的天敵、沒有寄生性天敵，也沒有病原體。不僅如此，粉介殼蟲的背上還有一層蠟狀的外衣，以保護它們不受殺蟲劑或其他毒藥的殺害。而且粉介殼蟲的繁殖力也很強，它們能藏在土壤、裂縫，以及植物的裂口裡，並且擁有透過自然媒介快速傳播的習性，例如透過植物產品、風、水、雨、鳥、人類以及農場動物等。更糟的是，除了寄生在棉花上之外，粉介殼蟲還可以寄生於其他作物上。
此外，Bt棉不僅為棉花田帶來像粉介殼蟲這樣的災難，它也同時影響到後面種植作物小麥的產量。農民表示，在種過Bt棉的農田上種植小麥，小麥的生產量平均減少了三成。這是因為Bt棉比一般的棉花需要使用更多的肥料。如果農夫沒有施灑足夠份量的肥料，後面種植的作物能吸收的養分就會減少。不僅如此，澳洲政府所做的研究也顯示，Bt的毒素會在植物根部散發開來，對土壤的生物多樣性以及生態系的功能造成影響。種種因素都可能造成後面接續種植的作物產量下降的原因。不過印度有個有機農在他的棉花田裡間作樹豆、高粱、玉蜀黍、黃豆，以及一群其他種類的豆子，某些豆類作物則用作綠肥。儘管他的棉花生產量相較於鄰近的Bt 基改棉田要來得少一點，不過當附近棉花田嚴重地受到粉介殼蟲的侵襲時，這位有機農的棉花田卻完全沒有受到任何破壞。其它超過100名有機耕種非Bt棉的農民也同樣地不受粉介殼蟲的影響。在棉花列間作其他數種不同作物的方式，使得棉花害蟲在破壞某一列棉花後不會繼續破壞其他列，而且由於這些間作作物從未噴灑殺蟲劑，像甲蟲幼蟲這種粉介殼蟲的天敵便能把粉介殼蟲當作晚餐吃光光。
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