「專利法修正草案」將把植物納入專利保護，卻因限制使用現有品種育種、改良，將使我國農業發展受衝擊，尤其是阻礙新品種研發，未來修法通過，不僅可能影響我國農業的國際競爭力，也將重創我國高達一百億元的蝴蝶蘭產業。
WTO認為針對植物品種立法保護即可，不一定要納入專利，而我國的「植物品種及種苗法」已符合WTO規範，當中也有「育種家免責」與「農民免責」的概念。但經濟部智慧財產局提出的「專利法修正草案」，將原本動植物不授予發明專利的條文刪除，認為修改專利法保護植物，可以促進生物科技研發。
台大農藝系教授郭華仁強調，生物技術是需要專利保護研發，但相較於我國公私部門每年上百個新品種，基改植物研發速度相當緩慢，每兩年不到一個，沒有必要再增加植物專利保護。
郭華仁指出，我國傳統育種工作，是把舊品種交配，研發出新品種，可以主張「品種權」，而新品種也開放其他人繼續改良，不視為侵權，畢竟拿舊品種改良是必要的，沒人可無中生有，但專利法修法後卻被禁止，因為若品種有專利，其他人不得拿來育種，如此將妨礙新品種推出。
郭華仁表示，世界十大種子公司已掌握七成的國際種子貿易，專利法修法無疑圖利外國種苗大廠，傷害國內農民以及小型農企業，農民購買種苗必須支付更高的費用。聯合國已於去年關於「糧食權利」特別報告書中指出，專利保護植物會阻礙新品種的研發。
台灣蘭花產銷發展協會理事長高紀清強調，蝴蝶蘭品種有上萬種，台灣的強項在於品種研發，每年推陳出新。我國蘭花產業已從OEM（委託代工）轉型為ODM（設計加工）型態，不但是「客製化」，而且從花色、花型等，都可以量身訂做。
但未來被專利法綁死，高紀清憂心，蘭花育種者發揮的空間變小，可能怕侵權不敢公開自己品種，讓蘭花的品種研發速度變慢，不利於蝴蝶蘭在國際市場上的競爭力，優勢將逐漸被荷蘭取代，重創我國每年上百億元蘭花產業。
智慧財產局副局長鄭智華表示，全世界都將植物納入專利，此一作法可與國際接軌，不過，學者、業者擔心的不是不可能發生，只要品種法一併修法，就可以化解疑慮。
農糧署副署長許漢卿解釋，計畫修正的品種法中有「強制授權」的條文，未來如果雙方就專利權談不攏，可以由政府出面，若有公益需求，進行強制授權。
