2011年澎湖珊瑚礁體檢行動於9月3日舉辦，由台灣環境資訊協會邀請的潛水志工分別調查三級離島東嶼坪及西嶼坪海域，結果發現，珊瑚覆蓋率屬於國際珊瑚礁體檢基金會「尚可」等級，然而指標性魚類及指標性無脊椎動物的調查結果，顯現此地過漁情況嚴重。
東嶼坪西邊海域因屬海溝地形，活珊瑚覆蓋率約為28%，其他底質主要以沙底為主，指標性魚類僅記錄到蝶魚及少量笛鯛，指標性無脊椎動物則僅記錄到一顆小個體硨磲貝，其他大型魚類及無脊椎動物付之闕如，顯現此地過漁情況嚴重。
西嶼坪調查結果顯示，此地活珊瑚覆蓋率約有41%，其他底質則以岩石組成為主，且觀察到活珊瑚底下是已覆滿藻類的珊瑚骨骼，極有可能是在2007至2008間受澎湖寒害影響死亡的珊瑚，指標性魚類則記錄到蝶魚、少量笛鯛及鸚哥魚，指標性無脊椎動物則記錄到魔鬼海膽及馬糞海膽，不論種類或數量都較東嶼坪為高些，但還是明顯遭受到過漁，另外此處還記錄到一隻棘冠海星，但是族群密度相對來說頗低，未達大爆發標準。
珊瑚礁總體檢的調查方法是以「穿越線」（transect）法為基礎。潛水者在海底分別沿著3公尺和10公尺等深線，以捲尺拉出一條100公尺長的穿越線；再以穿越線為中心、調查範圍內的特定魚類及無脊椎動物。這些特定的生物是經過海洋生物學家篩選，可從牠們的數量或大小判斷人類活動對珊瑚礁造成的影響。另外，潛水者還需紀錄海底底質，藉由其中死亡珊瑚、活珊瑚、沙質等成分，來算出珊瑚覆蓋率。至於相關海域特殊情 形，例如有無毒炸魚、珊瑚白化、船錨、垃圾等，也是必須紀錄的項目。
珊瑚礁總體檢是由珊瑚礁總體檢基金會(Reef Check Fundation)1997年發起的全球體檢行動，當時是為了對全球珊瑚礁進行現況調查，提供科學上的數據，證實珊瑚礁已受到過漁、非法漁業和汙染的情形，而調查結果也確實震驚全球。
台灣的響應行動則自2009年開始由民間參與，至今全台共進行7個潛點調查。台東綠島（9/17-19）及屏東小琉球（9/24-26）體檢行動將陸續舉行，並召募更多潛水志工中加入，詳請可見台灣珊瑚礁總體檢網站 http://reefcheck.blogspot.com 。
