在馬政府聲稱組織再造明年上路前際，水利署提出「新世紀水資源政策綱領」修正，並於3日開會討論；因未將國土規劃與保育的具體作法落實，遭環團杯葛。立委田秋堇與環團於3日記者會上要求暫緩修正，並建議新組織上路後再提。
攸關全民用水的水資源政策，是依據經濟部水利署於2006年核定的「新世紀水資源政策綱領」，因缺乏國土規劃與水源涵養的水資源政策，不斷遭各界質疑。田秋堇表示，在經濟部體制下的水利署，長久以來表現欠缺水資源保育思維，只重視水資源經營管理，因此組織再造調整併入環境資源部，意即在極端氣候表現下，應重視水源涵養，水利署必須與林務局的保育並肩作戰。聯盟常務理事吳麗慧也強調，環境資源部能統籌管理水質、水量及水資源保育，如有修正必要，應等部會統整完成再提修訂案。
台南市水資源保育聯盟理事長黃安調高分貝抨擊整個修正計畫中隻字未談國土規劃。「水資源規劃管理從源頭的森林、河流，一直到陸地，最後流向海洋，這過程包含山、林、土、海，不談這些地方保育，如何談安全乾淨的水資源？」
現行水資源管理，問題叢生。黃安調舉南部目前水資源亂象，包括二仁溪整治，公部門整治好，地方開始淹水。顯示事權未經統一，中央認為自己事情做好了，卻不管地方政府淹水。另外，柴頭港溪不斷加高的河堤，竟然高達265公分，「變成河川大怪獸！」；而政府更為了水泥公司，在大崗山冷泉旁炸山開挖，造成斷流，當地冷泉徒有虛名。
黃安調再舉台61線爐渣鋪路，影響沿路濕地，爐渣級配甚至連153公分的超大顆爐渣都用上了。目前環保署雖介入處理，但因樣本採集的差異和民間調查所得結果出入甚大，形成「各唱各的調」。他質問，這些爐渣汙染了涵養水源的濕地，還談得上水資源管理嗎？
黃安調說，水利署的修正建議取消污水下水道建設、建立合理及公開透明之水價調整機制等保育概念，並欠缺規劃集水區保育專責管理機制；對於山地保育及森林涵養的保育思維也看不到，仍只顧「強化集水區經營」等。修正案不但不見新世紀思維，還頻頻回頭，黃安調諷刺說「簡直可以稱為舊世紀水資源政策綱領」。
除了落實水污費之外，黃安調也建議修正案須反映與水資源相關的各種環境社會成本，如水源設施應依其對生態之衝擊程度課徵生態保育費；農業用水調撥應課徵糧食安定基金及氣候調適基金；耗水大戶另應課徵水源開發（保育）基金；道路及集水區開發應課徵水患防治費等。
黃安調表示，越來越多新興產業將風險不明的化學物質排入溪流，他表示聯盟於烏山頭鑿井檢測出水質含酚量已超標，此將形成環境荷爾蒙，不但影響河川生態，甚至人體健康；政府應發展對應的政策，確保水源安全。
台灣水資源保育聯盟粘麗玉主任表示，未來修正有關農田水利會轉型部分，應明文解決灌排合渠的問題及農業用水調撥機制的透明化；另外，應明文規範各河川之生態與環境品質基流量，考量氣候變遷造成的流量驟變，修正有關流量歷線中河川流量機率衍生的基準（如Q80、Q75等）。
