高雄市、雲林縣相繼立法向企業徵收溫室氣體排放費用，環保署邀各部會研商後認定，二氧化碳等溫室氣體排放許可、費用課徵屬中央權責，地方不得徵收，否則會有爭議。
環保署不同意雲林縣政府徵收碳費，雲林縣長蘇治芬9日表示，完全不能接受。高雄市環保局長李穆生也說，高雄市推動「高雄市事業氣候變遷調適費徵收自治條例」，法令沒有明文規定這不是地方的權限，環保署的做法侵犯地方自治權，「不是中央說了就算」，高雄市決定依原計畫進行，「高雄市事業氣候變遷調適費徵收自治條例」議會已一讀通過，5月底可望完成二、三讀。
全國工業總會秘書長蔡練生則呼籲高雄的企業抗繳「氣候變遷調適費」，如果高雄市政府堅持要收，產業界會停止在高雄的投資，引發的產業出走和失業等後果，由高雄市府自負。
高雄市政府訂定「高雄市事業氣候變遷調適費徵收自治條例」草案，打算對中鋼、中油等108家年排碳1萬噸以上的企業，收取每噸新台幣15元的「氣候變遷調適費」，草案日前已送高雄市議會。若完成立法，高市府1年可增加9到10億元收入，用在補助企業節能減碳，而中鋼就貢獻近3億元。
雲林縣政府認為台塑六輕大量製造二氧化碳，嚴重汙染環境換取鉅額利潤，除要求六輕補助農民造林減碳，並擬訂碳費徵收條例，預計1年可課徵約34億元碳費。
但環保署長沈世宏說，環保署邀內政、財政等部會代表研商，認定溫室氣體並非完全地方自治事項。他表示，溫室氣體排放並非直接影響當地，而是平均濃度升高導致暖化、氣候變遷，因此在高雄排放等同在台灣排放，向企業收取溫室氣體排放費，必須由中央統一辦理，地方收費的適法性有問題。
蘇治芬表示，雲林縣政府計畫徵收的碳費，符合地方自治權限和汙染者付費精神，與行政法中的空氣汙染防制法相似，不是國稅，環保署把碳費與碳稅搞混了，應該重新思考。
她表示，財政部不核定雲林縣提出徵收「碳稅」，另提「碳費」，環保署也不同意，雲林縣政府今年1月已向大法官會議聲請釋憲，希望大法官會議盡快解釋，6月8日也將舉辦綠能與減碳論壇，收集各界對碳費的意見，希望中央重視。
