為改善河川水質，妥善處理生活污水，環保署自2003年起陸續補助地方政府建置除污型人工溼地，因水質淨化和生態棲地環境經營成效甚佳，其中計有9處被選定為國家重要溼地。
截至目前為止，環保署在全台灣總計推動了110處污水現地處理廠址，也跟隨國際趨勢將溼地應用於汙水處理，自92年起陸續補助地方政府建置56處除污型人工溼地，作為污水下水道系統建設完成前之因應措施。因水質淨化和生態棲地環境經營成效甚佳，其中計有9處被選定為國家重要溼地。
9處人工溼地分別為國家級的淡水河流域溼地（計有新海、浮洲、打鳥埤、城林及鹿角溪等5處人工溼地），以及地方級的新竹縣頭前溪生態公園、高雄市大樹舊鐵橋人工溼地、屏東縣麟洛人工溼地及臺東縣關山人工溼地等4處。
環保署水質保護處邱仁杰課長表示，大台北地區每年總計產生230萬噸的污水，其中20萬噸的汙水即透過除汙型人工溼地過濾處理，約佔了總汙水處理量的1成，而5處被列為國家重要溼地的人工溼地即處理了約8噸的汙水量，對水質淨化不無小補。
除淨化水質外，人工溼地選址多位於河岸，良好的經營管理將整個流域串成綠色生態廊道，不僅為遷徙候鳥和依賴水域生活的物種提供了重要的棲息地，也成為環境教育及民眾休閒的重要場所。
如高雄大樹舊鐵橋人工溼地在八八風災嚴重受創後，近幾年環保署結合社區人員，進行保育及復育工作。2013年計畫研究發現溼地內生態物種日益豐富，計有鳥類26科47種、兩棲類4科6種、蜻蛉類3科15種、蝶類5科40種、植物53科126種，已逐漸恢復至風災前的水準， 重建經過更成為民間志工投入溼地工作的最佳典範。
為提升溼地保育成效，本年度環保署編列了1000多萬的經費在這9處溼地上，繼續用以溼地保育、復育、監測、環境教育、生態調查和民眾宣導等工作。計劃讓人工溼地結合當地特色，發揮多元價值，成為環境教育與休閒遊憩的最佳場所。
