孕育台灣山林水土的中央山脈，在台灣地理上隆起有如一道屋脊，往下守護著其中賴以維生的萬物及生態系，自然豐度使得台灣成為福爾摩沙美麗之島。因為高山阻隔，使得這道山脊人跡罕至，造就豐富的自然生態。
中央山脈地形險峻，原本就是各種生物聚集生長的天堂。北起插天山，南至大武山全長300公里的「中央山脈生態廊道」，佈滿11座大大小小的自然保留區、野生動物保護區（重要棲息環境）、國家公園等不同尺度的保護區，這些保護區不是不夠大，就是呈現孤島式狀態，只是將生態系切割的更零散。
為了有效保留中央山脈生態系的完整性，1999年由農委會林務局著手規劃「中央山脈保育廊道」，不但建立完整的保護區生態系，以各種保育法令阻止不當開發，也可維護生物多樣性，保存物種基因庫。此外，提供了自然科學研究、自然教育環境以及增加原住民的就業機會，建立正向的合作關係，也提供國民生態旅遊的機會，進而推廣正確的自然保育觀念。
在中央山脈生態廊道中有3座國家公園，除此之外，最南端被視為原住民聖山的大武山，更是挹注由墾丁國家公園鎮守的恆春半島生物多樣性來源。
跨域研究解開陶塞溪水鹿DNA之謎
去（2012）年，台灣大學動物科學技術學系副教授朱有田連續幾年在太魯閣國家公園陶塞溪流域採集水鹿排遺（糞便），從樣本呈現的資料，顯示有一群DNA顯著不同於台灣其他地區的水鹿族群存在，這項發現很可能改變我們對台灣水鹿分類的認知。
「水鹿基因型非常特出，並只存在於太魯閣國家公園的陶塞溪上游及鄰近雪霸國家公園的某些區域。造成差異的原因尚需進一步研究。」太魯閣國家公園保育課長陳俊山說。
朱有田研究團隊足跡遍及南投縣仁愛鄉雙龍部落、丹大野生動物重要棲息環境、雪霸國家公園、太魯閣國家公園奇萊山區、陶塞溪、南湖大山、玉山國家公園南二段、新康山區、大分山區、雙鬼湖野生動物重要棲息環境及大武山自然保留區等地採集水鹿排遺，其中，陶塞溪中下游採集的46個樣本，證明這項事實。
如此全面的收集，才能得到重要的發現。由此顯示跨域研究的必要性，不但指區域上的跨域，還有不同領域學者專家跨領域的合作。本身是實驗室出身的朱有田，必須與數個野生動物調查研究團隊合作，才有辦法辨識、採集樣本，透過他專精的分子科學技術，才能完成這些調查。他說，過去研究只針對區域性物種，未見物種遷移的研究，尤其是中大型遷移能力強的物種，只局限於區域內物種的監測調查。
跨域研究則能突破這項限制，對於中央山脈生態廊道上野生動物的秘密，更具破解的機會。特別是研究方法日新月異，最該突破的就是人類標示的界線。對於陶塞溪水鹿基因型態表現出的差異，朱有田並不認為不可能。「台灣島上遷移能力最強的物種人類，都因種種因素區隔出不同族群和語言」朱有田說，台灣因地形地理的獨特性，而具有多樣化的條件，過去只有研究缺乏管理上的建議，期待透過對野生族群的了解，提出更有利國人的保育策略。
今年玉山、太魯閣以及雪霸國家公園今年開始進行跨域合作，包括研究監測、棲地保護以及環境教育三大主軸，管理處之間將以不定期開會作經營管理經驗交流。棲地保護則採在地化，每個國家公園都有其區域特色發展當地的策略；環境教育則包括社區巡守、解說導覽訓練、生態旅遊以及教育解說基地規劃。
孕育水源 雪霸處嚴守分際遊憩有保育
雪霸國家公園不但是水鹿等陸域野生動物的重要棲地，台灣更有1/3的河川源頭來自雪霸國家公園，域內以保育珍稀的櫻花鉤吻鮭、山椒魚聞名。雪霸處長林青表示，高山型國家公園範圍廣、物種多，園區內的監測調查也都與學術界合作進行研究。另一方面，為了保護源頭水資源，以及淡水魚棲地，這幾年來陸續與當地幾個部落合作，借重民間的力量，除了將櫻花鉤吻鮭野放至部落傳統領域，也成立河川巡守隊，定期巡守。繼2004年環山部落、2009年南山部落，2011年再加入松茂部落，保育巡守達1000人次以上。未來期待與民間合作的力量能持續發揮在環境監測，甚至進一步的研究觀察上。
日治時代規劃的次高太魯閣國家公園是將雪霸、太魯閣國家公園以及當中的土地全部串連起來保育。但因1980年代國家公園的思維，都是把部落、社區、私人土地全部排除在外，因此，陸續成立的太魯閣、雪霸兩座國家公園，卻步相連。林青表示，近年幾次研究調查顯示，最好能將思源埡口連接太魯閣國家公園一帶劃入國家公園範疇，得以更有利於整個中央山脈生態廊道的保育，不過此項倡議尚無定論。
雪霸也以景觀著稱，園區內3處遊憩區，每年3、4月總是吸引上萬遊客登武陵賞花，在巨大的遊憩壓力下達成保育的目標，需靠科學的研究數據以及堅強的保育信念。林青說，去年武陵曾創下一天18000人次的遊憩人潮，但是依據調查，武陵遊客承載量上限每日5000人，今年賞花期間嚴守此項分際，讓中央山脈的野生動物不受太大的擾動；雖然讓當地的民宿業者叫苦連天，卻能維持遊憩品質讓知名企業驚艷不已。
推無毒友善環境耕作 玉管處兼顧產業與保育
同樣幅員廣闊、蘊含豐富物種生態的還有玉山國家公園。今年三個國家公園的跨域研究，太管處以水鹿研究為主，玉管處則持續黑熊的研究。保育課長蘇志峰表示，最近的調查資料顯示，園區內共有191種鳥類、哺乳類動物55種，蝶類種類也有增加，看到野生動物的機會比剛成立時多。玉山國家公園由於近年來台灣水鹿族群增加，對高山生態系產生影響，2009－2011年分別對南二段、新康、郡大地區調查族群數量，2013年將於楠溪林道地區展開水鹿族群研究，研究以收集水鹿的生態、行為、遺傳、分類目標方向及族群變化及遊憩影響，就現況問題、目標確認、方案規畫、資源整合，提出保育策略。未來與太魯閣及雪霸國家公園對水鹿經營管理進行交流。
目前玉管處則積極「推動東埔地區有機生態文化產業再發展」。此計劃針對東埔一鄰東光部落之原住民文化、山林智慧、務農特色，以及臨近之八通關古道進行規劃，配合保育課部落巡查計畫進行3 條步道（雲龍－八通關、樂樂－八通關、沙里仙林道下游線）的調查，製作生態導覽員培訓，加強部落對八通關古道之物種認識，及其日夜間、季節變化、部落故事傳說等導覽，提升部落巡查員之導覽技巧。
去（2012）年在東埔當地與布農族人共同舉辦部落門牌木雕製作，將布農藝術融合在門牌製作，不但強化部落傳統知識，並得以美化居家環境。針對園區內的農業，則鼓勵輔導轉作有機，遴聘慈心有機農業基金會協助耕作技術以及建立部落農產品之行銷通路，透過無毒耕種落實保育，並且兼顧居民生計與產業。
恆春半島效應考驗墾管處跨域治理能力
提到中央山脈生態廊道，我們往往忽略了它在恆春半島扮演的重要角色。中央山脈的最南端，大武山一路延伸到屏東霧台，原住民部落多年來守護，得以保存豐富的自然樣貌。繼續往南的恆春，則局限於半島地形，陸域野生動物多樣性顯得較缺乏。
半島效應是地景生態學的專有名詞，半島環境大多由大陸延伸而出的末端，三面環海、形狀狹長型、與陸地相連，陸域物種來自內陸，因地形限制，越接近末端，土地越狹小，物種越稀少、難以存活。另一方面，當連結的陸地的物種族群數出生大於死亡時，族群就有往外擴展的需要，這時候一部分族群就會溢散至次要棲地，即使生態資源大大比不上其原來的棲地。
除了半島效應，早期道路開發缺乏生態保育概念，也未有足夠的基礎資料，因此公路一條一條蓋在平面上，以人的觀念逐漸將整個台灣島串聯起來，卻忽略了為來自山上的陸域動物保留穿越的空間。墾丁也有相同的遭遇，多年來因道路切割、拓寬，而阻斷原可由大武山往外擴展的野生動物路徑。
從大武山一路經由南仁山到達社頂、龍坑，野生動物的遷移路線，卻橫遭南迴鐵路、南迴公路（台9線）、縣道199號（北起屏東縣獅子鄉壽峠，南至屏東縣車城鄉）、縣道200號（恆春－港仔，西起屏東縣恆春鎮，東至屏東縣滿州鄉港仔）4條路廊切斷與大陸的聯繫，後繼無力。尤其縣199、縣200這幾年不斷拓寬，十分明顯。
有鑑於南仁山生態保育區的保育成果，使得陸域動物的族群健全，墾管處也曾倡議將南仁山以北，九棚一直阿塱壹也劃入國家公園範圍內，更有效保育沿途的動物遷移路徑。不過，此項倡議並未成功。屏東縣政府依據《文化資產保存法》將阿塱壹劃設為「旭海觀音鼻自然保留區」，或許為野生動物往南遷移留住一段缺口，卻可能形成「盲腸效應」，將旅客滯留在恆春半島，只能循原路回到起點。
對於半島的生物多樣性更需費心維護，恆春的生物多樣性尤須跨域合作。墾管處這幾年來積極與周邊的社區倡導生態旅遊，透過一系列培訓課程，將遊客導入社區，示範一種對保育負責的旅遊行為，也為周邊社區創造產業發展的契機，目的就是讓保育的好處看得見，因此周邊社區也樂於一起參與，透過解說教育消弭邊界。
