台灣第一艘具有遠洋探測能力的海洋研究船「海研五號」，2013年2月18日展開研究首航，探索南海東部海域。
「海研五號」研究首航進行19天，研究的對象是東沙海域。國科會主委朱敬一說明，「海研五號」可以在海上作業持續51天，比起之前的海科船「海研一號」，除了續航力強，她配備精良儀器，因此 在短短十九天的首航就交出了成績。
「海研五號」從地形、地質、水文等各種面相來了解東沙的生態環境，研究船首席科學家中央大學教授許樹坤說明，這次的研究想要了解東沙環礁形成的原因，海科船在航程中首度發現在東沙環礁東南方約三十公里處由六十幾座海底火山組成的火山群，分布在三千平方公里範圍內，科學家在鑽掘採取岩心時，原本以為海底是軟的，沒料到連鑽頭都損毀歪掉，事後查看採集到的部份岩心是火山活動形成的堅硬玄武岩，研判這些玄武岩形成的年代，可能跟澎湖相近，應該是距今約一、兩千萬年前的中新世。科學家另外也在東沙環礁西南方發現一處海底大斷崖，落差達到數百公尺。
許樹坤教授說明，東沙海域是個侵蝕環境，強勁的海流會將所有東西都帶走，東沙環礁就是因為火山噴發的堅硬玄武岩抵擋海流的蝕奪，才保有如今的地形。而且也因為玄武岩擋住海流，讓低溫高鹽的底層海水抬升帶來養分，形成東沙海域的豐富漁場。
「海研五號」研究首航還有一項目標是探查東沙海域的「甲烷水合物」，甲烷水合物是以固態形式出現在高壓低溫例如海底環境，因此又被稱做可燃冰，全世 界都在研究如何開採甲烷水合物，以接替即將耗盡的石油能源，以往有不少報告指出在台灣西南海域以及南海有可燃冰的存在，但「海研五號」在東沙海域的探測則 是新發現。
首席科學家許樹坤教授表示，發現甲烷水合物的海域是在東沙環礁的南方海域，研究團隊透過震測證實海底仿擬反射界面(BSR)的存在，確定海床底下有可燃冰，厚度達幾百公尺。但研究團隊也發現該處海床有大規模海底山崩，而且有氣體溢出形成的多處「麻坑」，蘊藏量多寡需要進一步研究。
「海研五號」研究首航還有一項發現，就是發現南海海面每天會從大氣中吸收大量的二氧化碳，船上配備「海氣二氧化碳自動偵測系統」，以及「漂浮式顆粒有機碳收集器」，透過儀器偵測，研究團隊發現，南海海面在正常天候狀況下，每天吸收大氣中的二氧化碳達到26萬噸，大約是台灣每天碳排放量的百分之三十五。「海研五號」在航行時剛好遇到惡劣天候，讓研究團隊更訝異的是在惡劣天候下，南海海面吸收大氣二氧化碳的量提高為9倍，達到台灣日排碳量的百分之328。
「海研五號」首席科學家許樹坤說明，分子移動是從壓力大的地方移往壓力低的地方，根據在東沙海域的觀測，天氣不好的時候二氧化碳往下沉的量特別大， 再加上東沙海域浮游植物豐富，進入海裡的二氧化碳被浮游植物吸收，植物死亡之後沉入海底，這些碳跟著被固定帶往海底。研究團隊對於這項發現感到興奮。
