《商業周刊》報導市售牛奶含禁藥引發爭議，衛福部與農委會分頭進行乳品檢驗，25日同步公布最終結果。無論是衛福部針對雜誌報導8種有問題乳品、檢驗97種可能藥物，或農委會擴大抽檢市售23種乳品、檢驗86項動物藥物，結果全符合法令規定，未檢出違規用藥殘留。
食藥署也正採用商周採用的代謝物檢驗方式、重檢驗所稱問題乳品，最快今日公布結果。食藥署主要針對商周所檢驗乳品，除味全木瓜調味牛奶停售無法買到樣本，其餘8乳品均檢驗。檢驗項目除核可的6類86項抗生素等藥物，還包括其他懷疑禁藥，及周刊指稱代謝物的可能來源，例如荷爾蒙類甲基炔諾酮、抗憂鬱劑氯米帕明、止痛劑乙醯氨酚及9種塑化劑。經液相層積串聯質譜儀LC/MS/MS檢測顯示，全符合標準。
農委會畜牧處處長黃國青強調，市面上牛奶是安全的，看到很多家長困惑，連部分學校都停供鮮乳，感到相當痛心。台灣酪農協會已對商周寄出法律存證信函，要求更正報導，否則不排除提出告訴。教育部國教署表示，目前以衛福部等官方檢驗為依據，學校沒有必要停止供應鮮奶。
針對外傳歐盟乳牛只能用30種動物用藥、台灣卻能用100多種？畜牧處澄清，我國是檢驗100多種用藥，但實際核准用於乳牛的藥物僅48種。食藥署表示，商周提出的檢驗報告，僅以資料庫比對氣相層析圖譜，沒有標準品比對，且檢驗「連定性都沒做完」，已要求周刊在明日補齊資料。
商周25日晚發出聲明稿表示，食藥署的檢驗方法與陳良宇副教授的研究方法不同，表述方式也有異。食藥署及農委會對於塑化劑等項目的「未檢出」，僅代表其含量在國家標準容許範圍內，並不等同於完全未含有前述物質的「零檢出」。換句話說，「未檢出」的結論無法推翻陳良宇副教授的研究。
商周也回應：「媒體的功能是守望、告知、預警，扮演吹哨者的角色。基於民眾長期對市售鮮乳的疑慮，我們對乳品進行抽樣調查，基於媒體扮演的吹哨者之立場予以報導，將檢驗結果告知社會大眾。雖然雙方方法不同，結果各異，但我們希望未來各界一起找出更具前瞻性、全面性的檢測方式與檢驗標準。我們會繼續站在關心食品安全的立場，負起媒體的監督、預警責任。」
