農委會主委蘇嘉全29日提出「新農業運動」十大政策，其中一項是「嚴重危害生態之漁業，3年後全面禁止」，全面禁捕魩仔魚即是重點。農委會決定2008年起，約束漁民全面禁捕魩仔魚，讓小魚有機會長大，國人要吃到在地尚青的海魚，才不會是奢望。同時間起，飛魚卵和珊瑚也都全面禁止捕撈或採收；目前珊瑚船只剩下一艘。
漁業署調查顯示，魩仔魚季從每年6月初到8月底，每公斤售價150～200元。相較於一般魚價平均不到100元，魩仔魚「身價」不凡。台灣最重要的魩仔魚上岸漁港集中在枋寮、頭城和淡水一帶，捕撈的漁民多為兼職，隨季節轉變更換捕撈標的物。由於魩仔魚頂多只能長到5公分長，要捕撈這種迷你魚，魚網網眼直徑大都低於0.2公分，這種洞眼超小的魚網早被歐洲和美國等漁業技術先進國家禁用，台灣卻還在用，成為國際評價「漁業技術落後」的重要指標之一。
但近海漁源枯竭，漁民捕不到魚，影響生計，據指出，農委會先採柔性措施，要求漁會對捕撈魩仔魚的漁船採申請核可制，並訂出作業公約，要求漁民配合「禁漁期」、「禁漁區」、「混入經濟魚量達15％以上停捕」、「身長小於2公分不捕」、「全年總量管制」等五大調控措施。