畜牧業集中出海口 歐、美、亞洲海域皆有「死區」
平均一公升的海水含有7毫克的氧，但是美國墨西哥灣附近的海水氧氣含量只有不到2毫克，只有那些不依賴氧氣生存的微生物才能在這裡活動。
如果將大量氮氣注入富含水分的生物體內，就會導致氧氣含量下降。這個嚴重的問題就發生在墨西哥灣近海，密西西比河的出海口附近，大約兩萬平方公里的海洋，氧氣是如此的薄弱，使得它形成了魚蝦無法生存的「死區」（dead zone）。
幾乎全美工廠化經營的畜牧業都集中在密西西比河流域，他們的過度施肥是導致海洋死亡區形成的原因。氮化物與璘元素順著河水的沖刷，流入墨西哥灣之中。這些營養素促進了水藻、水中植物以及細菌的增長，於是海水中的氧氣就被消耗殆盡。
美國海洋生物學家Peter Thomas說，全世界約莫有25萬平方公里的近海水域，會因無數次季節性的氧氣缺乏而受影響。以亞洲來說，中國將豬隻與家禽養在近海地區，而中國南海則受到越南以及泰國的氮化物污染。在歐洲，里海北部充滿了順著伏爾加河流下來的氮化物，許多環繞著歐洲的海洋都受到影響而出現死區，包括波羅的海、黑海、愛爾蘭海、西班牙海岸以及亞得里亞海。
母魚體內發現精子 過度施肥擾亂生態
2011年研究員發現，墨西哥灣的母魚性細胞中竟然生長出了精子，這都是因為缺乏氧氣而擾亂了生物酶所致。
過度施肥不僅傷害動植物，全球生態系統更因此受到破壞。地下水含有的硝酸鹽會導致癌症，近海水域則會出現缺乏氧氣的死區。這個問題並不只是氮化物與璘元素的汙染造成，其他原因包含鉀離子、藥物殘留、因疾病形成的微生物以及重金屬汙染。
工廠化畜牧業不只傷害海洋，也傷害了土地。由畜牧產業製造出來的糞便和泥漿，經常隨意地覆蓋住土壤，對於那些相對肥沃的土地來說，這更甚於濫用化學肥料造成的隱憂。
硝酸鹽會被沖刷到地下水，污染了飲用水也傷害了我們的健康。這些銷酸鹽進入人體後會轉換為亞硝胺，可能造成食道癌和胃癌。不僅如此，過度施肥更危害了「國際自然保育聯盟」（IUCN）瀕危物種紅皮書上幾乎全部動物的棲地。
我們能說，過度使用化學肥料、殺蟲劑以及除草劑，不僅傷害土壤中的微生物，更破壞了生態系。
雨林變牧地 牧地再換農地 生物多樣性幾乎歸零
熱帶雨林有著極為豐富的生態多樣性，但是已經有超過5分之1的亞馬遜叢林被摧毀。畜牧業就是其中一個主因。為了種植動物所需的飼料，雨林被清空成牧場，而多年之後，許多牧場都成為種植大豆的農地。
草地通常是較好的生物棲息地，而且有較多種類的昆蟲與小生物，但是南美洲與歐洲，廣泛的將牧場轉變為生產飼料的農地，因此阻斷了生物多樣性的發展。密集的放牧會導致生物多樣性減少，因為農夫只種給動物食用的草類新品種。這種行為邊緣化了其他物種。在開放空間圍籬笆也是一個問題，它會阻斷野生動物移動的路徑，使動物無法接近水源，又會有當地牛隻過度放牧的問題。
一般來說，生物與作物共存一地的綜合農業，通常都有著大量不同種類的植物──樹籬笆、植林地以及花園，花園中不只有多種昆蟲與小動物，還有空間讓野生植物生存。
但是在歐洲、美國和東南亞，綜合農業被養殖豬隻以及家禽的體制以「土地不夠用」的工廠化規模養殖取代。在這種體制下，牲畜吃的通常是購買自國外農地的作物，這是淨水、土壤以及海洋生物營養失調的主要原因之一。
在企業化的體制下，牲畜的基因多樣性是非常單一的，因為全世界的農夫都以相同的幾個動物種類進行繁衍。動物不再能適應多種不同的環境。事實上，被飼養的動物只能適應畜牧場這種細心控制溫度、溼度和燈光的環境，牠們的飼料則來自全球市場。換句話說，在畜牧場以及工廠化畜牧中，生物多樣性達到了最低點。
從8000個到8品種 工廠化畜牧業排拒基因多樣性
畜牧業造成基因的種類越來越少，我們只養殖特定品種的動物，例如黑白荷蘭牛（Holsteins）就有超過130個國家飼養。一些產量特高的雞、山羊以及綿羊品種，也壟斷了畜牧業的原生樣貌。
在歷史上，人類馴養了30種牲畜，也創造出許多品種，根據目前聯合國糧農組織（FAO）的記錄，這個數字大約是8000個品種，其中有許多是由女性為主的小型畜牧業者所飼養。這種型態的畜牧業不僅生產了世界上大部分的肉品，更保存了牲畜品種的多樣性。對於許多貧窮的家庭來說，這些動物，尤其是雞、山羊以及綿羊，是他們維生的重要管道。地方特有的牲畜品種更是最佳首選，因為這些品種能夠適應當地嚴苛的環境。
相較之下，大型工廠化的畜牧業只會飼養8種牲畜：乳牛、豬、綿羊、山羊、雞、火雞、鴨子以及兔子。在這之中，只有少數幾種會被挑選出來加以培育。我們吃的動物，是企業混種研發出來的高產量品種，特別是家禽與豬隻，而這也更加限縮了畜牧動物的基因多樣性。
基因單一化 高蛋白、藥物、環境來控制
從1950年代開始，大規模商業化生產的肉類產品與隨之而來的基因多樣性喪失，已蔚然成形。大型畜牧業公司專注於產量的極大化與培育有利可圖的生物特徵，例如生長快速、高飼料換肉率以及高產量。工業與商業邏輯運作之下的結果，便是高產能、但基因單一化的品種，而這些品種必須依賴高蛋白的飼料、昂貴的藥物和可以控制環境因子的室內棚舍才能生存。
現在，少數跨國企業把持了世界肉品市場的種源，而這塊大餅還在不斷擴大著。在高度集中的動物基因產業中，這些企業也壟斷了主要的基因研發，特別是在家禽、豬隻以及牛隻方面。
- 世界上1/3的豬隻、85%的蛋交易、以及2/3的奶製品都來自於這些企業培育出來的品種。
- 4家公司壟斷了全球97%的家禽研發。其中，95%肉雞的研發掌握在3家公司手上，94% 的商業化家禽育種則由2家公司控制，而幾乎所有的商用火雞基因也都僅來自於2家公司。
- 前四大畜牧企業佔據了2/3的豬隻與牛隻的研究和開發。
- 雖然水產養殖只佔畜牧產業的一小部分，但卻是成長最快速的部門。許多畜產動物基因的龍頭企業都開始投入水產養殖的領域，並專注少數特定的物種，例如亞特蘭大鮭魚、虹鱒、水晶蝦以及吳郭魚。
大部份全球畜產動物基因的供應商都是私人企業，而且不對外公布收益和投資金額，也不提供旗下專利基因的目錄或育種品種的資料庫。這意味著外界很難公開取得資料，以一窺動物基因市場的規模，以及遺傳物質的銷售與價格。不過可以確定的是，禽畜基因市場比商用種籽市場要小得多。
下一塊生物寶地：中國
中國是現在世界上最大的肉品市場消費國。豬肉在中國是最受歡迎的蛋白質來源，需求量不斷直線上升。目前，中國最主要的豬肉供應源還是小規模的「後院」豬肉攤販，但是中國官方的政策偏好一條龍的豬肉供應模式，也就是由同一家公司管理豬隻不同階段的生產處理過程。
這意味著到了2015年，中國一半的豬隻會來自於工業化的大型畜牧場。雖然中國豬隻品種多樣性比其他國家豐富，但是中國企業化的畜牧場還是依賴從國外進口品種。近期，許多豬隻基因公司已經與中國達成協議。2013年，中國最大的肉類處理公司雙匯集團（Shuanghui International）以71億美元收購了美國豬肉龍頭史密斯菲爾德（Smithfield Food）食品公司。史密斯菲爾德公司原是全球最大豬肉生產與加工商，這項併購案很可能加速了豬隻基因公司與中國的協議進程，而史密斯菲爾德旗下的基因育種公司也在這次的併購內容中。
當大規模工業化的畜牧生產取代了中國小型的養豬業者與雞農，這些大型養殖場將和美國農場一樣高度依賴高抗生素劑量的飼料，以加速牲畜生長，並確保牠們能在擁擠的飼育環境中存活。
數百萬小型養殖戶難活 糧食安全穩定度下降
為了大型畜牧公司的利益而嚴密掌控品種的所有權和控制手段，嚴重威脅了數百萬小型養殖業者、漁民以及游牧民族的生計。
根據2012年FAO對牲畜多樣性的更新資料，8000種獨特的農場品種中，有4分之1瀕臨絕種，工業化畜牧業的成長是主要原因。減少畜牧動物的基因多樣性，不僅會使動物對病蟲害難以招架，也提高了糧食不安全的風險，因為缺少多樣性會使牲畜們無法因應未來環境改變的挑戰，也無法面對社會需求以及市場條件的變化，這些都是不可預期的變因。在氣候變遷之下，農村社區與畜牧工業的長期永續發展，正因動物基因多樣性的喪失而岌岌可危。
隨著全球氣候變遷問題加劇，能夠抗拒乾旱、高溫以及熱帶疾病的品種與其獨特的基因，將對畜牧育種計畫和人類的生存扮演至關重要的角色。在2007年，全球109個國家簽署了「動物遺傳資源因特拉肯宣言」（the Interlaken Declaration on Animal Genetic Resources）。簽約國在宣言中承諾，將致力透過世界動物的多樣性來提升全球的糧食安全，並將豐富的基因多樣性保留給未來世代。宣言中也明載：「食物與農業中動物基因資源的持續喪失，恐將抵減我們為保障糧食安全、增進人類健康和鄉村發展所做的努力。」
