生物多樣性具有維繫人類生存的價值，而保護區是保育生物多樣性最有效的方法。保護區的劃設其實就是物種保育中的「就地保護」，既然決定就地保護，那麼下一步就是決定該選那裡建立保護區，至於保護區怎麼選？選取後怎麼做？怎麼管理？就須要一套準則。
目前各國學者提出許多保護區劃設的模式與準則，其中經常採用的是間隙分析法（Gap Analysis Program, GAP）和熱點分析法（Hotspot Analysis），再配合地理資訊系統（Geographic Information System, GIS），以有效的達到保護物種的目的。另外，當某地區生態系中的關鍵物種（Keystone species）消失時，生態系會崩潰，所以當關鍵物種有可能受到威脅時，也可考慮是否劃設保護區。
GIS是將不同類型的屬性及空間資料，如海拔高度、物種數量、人口數目、建築物佔地多大……等，輸入儲存並進行疊合，用來計算你想知道的各種資訊，如台北植物園的各種動物的分佈。輸入的資料愈多愈豐富，所得到的資訊就愈精準。
GAP就是利用GIS在已劃設的保護區之外，尋找受威脅或瀕危的物種，再評估是否有需要另設保護區，或是以其它方法進行保育。台灣進行保育多年，劃設數個國家公園及保護區，但是為避免遺漏急需保育的物種，有專家建議將各保護區間未受保護的區域，另行劃設保護區，能將各現有保護區連結，使保育更有效率。
另一個常用方法是生物多樣性熱點的分析。生物多樣性熱點的定義，目前較常用是物種的豐富度（Species richness）或是特／稀有種的數目（Endemic/Rarityspecies）的地區，範圍可能很大，如整個加拉巴哥群島上的所有生物；也可能小到如南投蓮華池中的各種水草與蛙類，只要該地區有許多不同種類的生物，就可稱之為熱點。
讓我們想像，有一個地區有非常多的特有森林與動物，是一個生物多樣性的熱點，如果這個地區是在中央山脈，那麼劃設為保護區是最自然的想法，也是必然的做法，因為這是最見成效的方法。
但是如果這個地區落在新竹科學園區的某一小片山坡，那麼我們就不可能為了這一片山坡，將整個竹科園區圍起來劃為保護區，因為如果真的這麼做，台灣的經濟勢必崩潰。這時我們會尋找是否有其他地方，與竹科有相同的物種，若是幸運的找到了，就可以選取為竹科的替代保護區，但是對竹科內的生物族群，還是應該進行監測。如果真的找不到其它的分佈地，只好考慮其他的方法。所以會從保護生物多樣性熱點著手，來訂定保護區劃定的優先順序（priority），是因為涉及到人力與財力上的限制，希望能以最少的成本來保護最多物種。
我們以上圖為例，保護區優先選取的條件就是Hotspot，如：圖右上角Estranged Mt.及Dragon River的紅色區塊，保護了這個區域，就可以花最少的錢，保護最多的物種。再來是特殊地形，如圖下方的Moon Lake和Swan Lake。藍色區塊的Illusion Mt.是因植物組成與Estrangd Mt.相似，可做為三種植物的替代保護區。Yukikaze City因有瀕臨絕種的鶴，且為低度開發，所以也可劃為保護區。
現行的保育制度，仍必須考量到成本效益的問題，過與不及都不好。對瀕危或稀有物種而言，最完美的保育方法就是所有土地完全禁止開發，但是這將會影響人民生計。早期國家公園內完全禁止打獵，這使得原住民的文化祭典無法舉行，原住民的狩獵文化逐漸式微，而傳統文化對狩獵物種的尊重與永續使用的觀念也因而蕩然無存。近年來，政府已開放原住民為了祭典需要，可於非繁殖期獵取非保育類動物，因為各種族的祭典文化，也應該包含在多樣性之中。
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生物多樣性小百科 關鍵物種
生活在海帶林生態系中的海獺就是關鍵 物種的例子。海帶林是由海帶所形成的海中森林，它是許多魚類及貝類的食物來源及避難場所，並且保護海岸線以免被海岸沖刷。海獺會捕食海膽，並控制牠們的數量。 如果少了海獺，大量海膽會嚴重掠食海帶林，使得海帶林及相關物種數量減退。諷刺的是，許多漁民因為認為海獺與他們競爭漁獲（如鮑魚）而恨之入骨，卻沒有認知到：少了海獺，鮑魚也就喪失了海帶林的棲地。 Keystone species A keystone species is a species whose very presence contributes to a diversity of life and whose extinction would consequently lead to the extinction of other forms of life. Keystone species help to support the ecosystem (entire community of life) of which they are a part. An example of a keystone predator is the sea otter, which is a keystone in the kelp forest ecosystem. Kelp forests are marine forests of seaweed that provide food and shelter for large numbers of species of fish and shellfish. They also protect coastlines from damaging wave action. Sea otters prey on sea urchins and keep their numbers in check. If the sea otters are extirpated, large numbers of sea urchins feed heavily on the kelp forests, causing severe declines in the kelp forests and their associated species. Wherever otters have been reintroduced, kelp communities have returned. Ironically, many fishers resent sea otters because they view them as competitors for valuable commercial fish and shellfish, such as abalone. They do not realize that without the otters, the abalone would not have kelp forest habitat. |
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