過量的泥沙可能導致珊瑚窒息死亡，環團台灣環境資訊協會每年定期檢視番仔澳、潮境兩處的珊瑚礁生態，去年即發現有幾處泥沙沉積的情形，今年持續觀察到泥沙覆蓋珊瑚表面，潮境整體覆蓋率5%，番仔澳10米處有些地方也可觀察到一層很薄的泥。
兩地的活珊瑚覆蓋率屬「不佳」到「一般」等級，也都有記錄到指標性魚類和無脊椎動物。
今（2018）年7、8月，台灣環境資訊協會和志工一同完成了番仔澳、潮境珊瑚礁體檢，調查結果顯示，兩個地點的活珊瑚覆蓋率（軟珊瑚加上硬珊瑚）為21.9-35%，最低是番仔澳5米處，最高為潮境10米處。
以國際標準來說，番仔澳5米和潮境10米處都屬於「一般」程度（25-50%）。較令人關注的是潮境泥沙的覆蓋率達到5%，水下也觀察到一些珊瑚表面已經被泥沙覆蓋。番仔澳雖沒有記錄到泥沙，志工也發現10米處有些地方可觀察到一層很薄的泥。
泥沙的粒徑比沙更小，一旦受擾動，會在水體中懸浮，需要一段時間才會沈降下來，沈降下來前都可能影響當地水體的能見度；再者，泥沙可能會覆蓋珊瑚表面，量少時，珊瑚可啟動自我防衛機制排除，過多時還是會導致珊瑚窒息死亡。
2009年時台電原訂在番仔澳灣興蓋卸煤碼頭和改建原有火力發電廠，當時遭到居民、民代和環保團體的抗議而取消。2015年時，台電再次提出「深澳電廠更新擴建計畫替代方案可行性研究」，新計畫雖將卸煤碼頭位置移至中油油港，然而將在深澳岬前方興建突堤，此舉可能影響原有海流方向，再者施工期間的揚塵、周圍環境表土的裸露都可能間接影響當地海洋生態。
魚類調查方面，兩地都有觀察到的是蝶魚石斑和裸胸鯙。蝶魚的族群密度為每100平方公尺1.5-3隻，番仔澳10米處數量最多；裸胸鯙則是每100平方公尺0-0.75隻，潮境10米處數量最高。令人驚艷的是兩地都有記錄到石斑。
珊瑚礁體檢的標準作法是僅記錄體長大於30公分的石斑，石斑因為遭受嚴重捕撈壓力，大型石斑在野外已不可多見。另外也有零星記錄到石鱸和鸚哥魚。
無脊椎動物方面，兩個調查點都觀察到了魔鬼海膽、馬糞海膽和龍蝦。由於馬糞海膽和龍蝦的經濟價值極高，因此並不容易記錄到。另外潮境10米處也觀察到清潔蝦。
番仔澳在2014年時由新北市劃設為瑞芳保育區，針對不同珊瑚礁物種都有相關採捕規範和限制措施；潮境則在2016年由基隆市政府劃設為望海巷潮境海灣資源保育區，除了石花菜以外，全區禁止任何漁撈作業。兩地調查結果在在顯示，如果能劃設海洋保育區，並嚴格執法和取締，都能觀察到成效。
