2016年，環團揭露全台可能有重金屬超標卻沒被政府列管，造成食安隱憂的838處農地，經環保署於同年介入調查，結果發現，其中有6.1公頃達45處的農地重金屬濃度確定超標，主要分佈在桃園及彰化，其上農作物已剷除，正進行列管整治（詳見全國重金屬高污染潛勢農地之管制及調查計畫第五期）。環保署表示，預計在2021年整治完畢後，將土地歸還給農友，並責成地方環保局針對污染源進行調查及蒐證，進行改善工作，避免再次污染。
民間資料分析「快篩」，環保署管制6.1公頃農地
台灣環境資訊協會在2016年與DSP智庫驅動發起的D4SG資料英雄計畫合作，透過套疊農試所（1992年至2008年的農地土壤採樣調查資料，共13萬筆表土資料）與環保署（2002年至今的管制農地資料）兩個不同政府部門的資料，利用資料科學方法做「快篩」，發現有838處農地重金屬濃度超標，卻沒有被政府管制。
環團要求政府調查可能受污農地，並對社會說明使用現況及調查進度。環保署表示，全台有6千公頃具有重金屬高污染潛勢的農地仍在農用中，屬於還未啟動調查或仍在調查中，未來會加速調查期程，將儘速在2017年底前完成全數調查工作。
環署調查報告於2018年7月出爐，除了原訂調查範圍以外，環團所質疑的可能受污農地，發現有6.1公頃分別位在彰化、桃園、台中的農地確定受到污染，列管為控制場址，農民不可繼續種植。整治工作預定在2021年執行完畢。另外也會責請地方環保局追查污染源，確認工廠等污染源後提出求償，必要時向法院提起訴訟。
桃園、彰化工業廢水是農地受污主因
本次調查結果位在桃園地區的受污農地主要是銅超標，污染來源是桃北的積體電路板工廠，及南崁溪、老街溪一帶的重工業所排出的含銅廢水。彰化地區則是電鍍廢水造成的銅、鋅、鉻、鎳超標。部分由地方政府河川局出租行水區給農民耕種的受污農地，污染物複雜，環署猜測可能是非法傾倒廢棄物造成，未來將停止出租農用。
8年前環署啟動調查，篩出1.5萬公頃農地有高污染潛勢
本次環保署調查是2010年開始啟動的一系列農地調查工作。2010年，環保署土污基管會（全名為土壤及地下水污染整治基金管理會）利用農委會13萬筆土壤調查資料，以引灌的水利小組為單元，從58萬公頃的水田當中，篩選出1.5萬公頃達危害（約0.8萬公頃）及污染等級（約0.7萬公頃）的重金屬高污染潛勢水田，分年分期進行調查及污染整治工作。
台灣環境資訊協會向土污基管會申請歷年調查面積與確認污染的農地面積，結果如下，查出的受污農地有1089.5公頃，佔全部調查農地（21,213公頃）的5％。
已知污染卻未管控？環署：僅初步評估，確定污染後作物全部銷毀
環團質疑，環保署是否已知農地有污染可能，卻未及時進行風險管控，讓國人吃到可能有污染的蔬果稻米？台灣環境資訊協會秘書長陳瑞賓表示：「能夠研發出篩選方式將農地分級管理固然很好，但是怎樣運用這套篩選機制避免受到污染的作物進入市場，才是最大課題。」
陳瑞賓又說，「如果篩選系統說明有1.5萬公頃的農地可能有一到多種的重金屬超標，行政單位應該有預防管控機制，不是查到哪裡才管到哪裡，還沒開始調查的，讓農民繼續種、民眾繼續吃。」
對此，土污基管會負責農地整治工作的陳以新組長回應：「篩選機制的基礎是初步統計和評估，篩選出的農地不可能全部公告列管，這會造成穀倉崩盤。需要經過精密範圍的調查，才能確知哪些是真正受污農地，目前調查確認污染比例大概是6%，大部分農田還是可以繼續種植的。另外，政府機關經費有限，無法一次全部調查完畢，必須確定有污染，才能投入整治資源。」
至於民眾如果吃到尚未調查或調查中具有高污染可能的農地種出來的作物，這樣會不會有害健康呢？陳以新說：「土壤有污染不代表作物也有污染，衛福部明確規定的有害重金屬有鎘汞鉛三種，土壤常見重金屬超標多是銅、鋅、鉻、鎳之類，加上有些重金屬水稻並不會吸收，或吸收之後會先枯萎死掉，不會流入市場被民眾吃到。土污基管會不會貿然公告全部高風險農地都必須限制耕種」。陳以新進一步說，「但是，只要經環保署土壤檢測確定超標，作物一定全部銷毀，民眾不需擔心食用安全的問題。」
灌排不分惹禍，農委會初步表示：2021年預計全數灌排分離
除了以上環團反應需要查證的地區，在第五期的重金屬高污染潛勢農地管制調查計畫原訂的調查範圍，也發現在桃園南崁溪、桃園大圳引灌範圍等有55.5公頃農地受到污染（詳見全國重金屬高污染潛勢農地之管制及調查計畫第五期），這些地區現已列管，農民不可繼續種植，預定也是在2021年整治完成。
陳以新組長說明，造成農地污染，原因之一是灌排系統沒有妥善分離，工業排水進入灌溉渠道，造成農地的污染。陳以新說：「農委會、水利會和環保署的水保處、督察總隊，每三個月會定期盤點全台的高污染潛勢圳路，檢討污染狀況，並視需要進行稽查和加嚴放流水標準，以降低污染排放總量，讓水質恢復正常。但是，根本辦法還是要讓灌溉和排水系統分離。」
2013年起，農委會開始執行農業灌溉水質保護方案，目的是為了避免工業畜牧生活等廢污水繼續排入灌排兼用渠道。至今方案成效如何？農委會農田水利處初步表示，全國工業廢水搭排限縮分三個階段，第一階段針對40多條重金屬高污染潛勢圳路，近600個工業類搭排戶，利用補助設備或改搭排水路進行輔導，目前還剩下100多戶仍在輔導中。第二階段從2017年開始，針對非重金屬高污染潛勢圳路沿線工業、畜牧屠宰業及其他大約90多個合法搭排戶，輔導業者專管改排或減量排放，來達成灌溉水質保護的目的。整體搭排管制工作將在2021年完成。
農田水利處相關人員也說，「灌溉水質保護是一個複合性的問題，需要地方主管機關、產業單位、環保單位共同來努力。社會越關心重視農地污染問題，違法者越有顧忌，問題就能逐步改善。」
