高雄市「南星土地開發計畫自由貿易港區」第一期於2017年4月完工啟運，目前已經陸續進駐八家廠商，包含六家倉儲業者與兩家金屬加工業者．本計畫的原環境影響說明書中載明「進駐廠商須於營運次年3月起，逐年進行溫室氣體盤查驗證作業，並於半年內登錄溫室氣體盤查內容」，當時的環說書預估南星自貿區溫室氣體排放量最大值為9.56萬噸。
不過，台灣港務公司高雄港務分公司表示，實際運作後發現多數進駐的廠商為倉儲業，溫室氣體排放很低，每年約僅250公噸，遠低於環保署列管的2.5萬噸，也非環保署公告的應盤查對象，再加上許多廠商反映委請第三方單位進行盤查與驗證所費不貲，「第三方的盤查價格從20萬到6萬不等，就算以最便宜的6萬來算，進駐8家廠商每年就需要額外支出近50萬元。」港務局認為若排放量遠低於列管標準，應可由內部進行自主管控，節省廠商開銷。
因此台灣港務公司提出變更內容對照表，改由港務公司輔導進行溫室氣體自主盤查作業，頻率為每年一次並紀錄備查，且港務公司也會協助廠商規劃溫室氣體減量及抵換，若未來進駐廠商為環保署列管應盤查對象，或溫室氣體排放量達2.5萬噸將依法辦理相關盤查與登錄作業。環保署專案小組今22日審查此變更內容對照表的內容。
環委李公哲與吳義林都質疑，若未來改由港務公司督導內部廠商自主管理，是否有盤查與驗證的專業？又或者該由誰進行盤查確認，否則外界可能會有「球員兼裁判」的疑慮？環委李堅銘也說，盤查完的數據資料不該只是「由本公司保管」，而應公開給大眾查詢。
港務公司對此回應，目前已有派員受訓並取得相關專業能力，「我們是百分之百公股的國營企業，我們也都是公務人員，各位委員可以對我們有信心。」港務公司也說目前相關的污水、空污等都有依法公開在網路上，未來也會將溫室氣體的數據比照辦理。
小組最終做出結論，開發單位應具體說明溫室氣體自主盤查的管理作業方式，並將盤查結果及資料上網公開，變更內容對照表定稿備查後，才能實施變更內容。
台灣水資源聯盟主任粘麗玉則訴求，「應該把公開資料的網址貼給地方里長，否則很多民眾上網都查不到。」港務局代表並作口頭承諾，屆時會有所通知。
