馬祖珠山電廠是國內少數燃燒重油的電廠，台電預計再增設四部發電機組，機組燃料仍為重油，且電廠東南側緊鄰國家級濕地清水濕地，去（2021）年提出環差後，溫室氣體排放及濕地保育議題受到矚目。該案今（25）日進入環評大會，會中沒有環委再提意見，迅速決議通過，四部新機組最快將在2025年商轉。
原規劃廠房未使用 珠山電廠將新設四座燃重油發電機組
早年馬祖南竿島上，只有一座南竿電廠供電。2000年代初期，由於開放小三通及觀光，用電需求提升，既有的南竿電廠又無擴建空間，台電開始籌設馬祖珠山發電廠。
電廠原先規劃設置四部3500瓩級的燃重油發電機組，並移裝南竿電廠的兩部2500瓩級機組，後來為了珠山及南竿兩電廠能相互支援，決定保留南竿電廠2部機組不移動。2010年，珠山電廠的四部、3850瓩燃重油機組正式運轉，總裝置容量為15.4MW（不含原預計移裝的南竿機組）。
為增加珠山電廠的電力調度彈性，開發單位台電公司於2021年9月再提環差變更，在原先規劃設置南竿兩機組的廠房，再新設四部2000瓩級燃重油機組，整體最大發電容量不超過計畫變更前的20.4MW。
清水濕地20年內底棲生物大減 開發單位：泥沙淤積改變環境
珠山電廠位於南竿鄉清水村西北側海濱，面積8.6公頃，東南側緊鄰國家級濕地清水濕地。環委在初審階段，曾對電廠影響濕地環境表達疑慮。環委張學文在2021年的第一次初審時指出，清水濕地亞潮帶的底棲生物種類，從環說書階段37種減至現階段5種，質疑設置電廠已對當地生態帶來影響。
開發單位對此回應，海域生態應是「受大環境影響而變動」，馬祖澳口海域多為花崗岩底質，但20年來當地的公共建設、以及中國閩江口排放的大量泥砂，都使該區海域底質轉為砂土，原本的底棲生物因而失去棲息環境；而珠山電廠雖有廢污水、溫水排放，但迄今並無對清水濕地生態保育造成影響。
為了保育清水濕地，台電也承諾，未來會將廢水放流口移至遠離濕地的北邊海岸，並配合連江縣政府規劃，減少廢污水排放；未來施工和營運期間，也會針對清水濕地進行海域及鳥類監測，並按季在台電網站公布調查資料。
少數燃燒重油的電廠 台電承諾加裝污染防治設備
此外，珠山電廠是國內少數燃燒重油的電廠，空污及溫室氣體排放問題也是初審時的關注焦點。由於未來整廠機組最大發電容量將達到24.2MW，但為減輕運轉後的空污排放，台電承諾未來無論採行何種調度方式，皆不會超過變更前20.4MW的發電上限。
空污減輕對策方面，雖然新設機組會加裝選擇性觸媒還原脫硝系統（SCR）和旋風集塵器等污染防治設備，但先前也有環委認為，台電規劃排放的氮氧化物（NOX）濃度還是過高，「浪費了SCR的功能」；此外，燃料油的含硫上限也應限制。
對此開發單位承諾，除了新增機組，既有機組也將加裝污染防治設備，且全數改用含硫份0.3%的燃料油發電。
由於設置了SCR系統，未來也將多出新的事業廢棄物種類，包括重油灰渣及廢觸媒床，每年合計約3.4噸，未來會儲存在廠內新設的事業廢棄物暫存廠，並委由民間清運。
溫室氣體減排方面，珠山電廠新機組正式商轉後，南竿電廠部份機組將除役，或轉為備援，可計入計畫區外的溫室氣體減排作為，因此預計每年將有645公噸二氧化碳當量（CO2e）的減排額度。開發單位也表示，未來會設置小型風力發電、太陽光電系統，並持續滾動檢討電力和電網效率。
