農委會升格農業部 林務局及水保局續留 國家公園維持分家
森林除了國土保安，更有涵養水資源、保護物種、生態系與基因庫等重要意義。此次組改，林務局升格「林業及自然保育署」、水保局升格「水土保持及農村發展署」，還新成立「資源永續利用司」、「動物保護司」。不過，國家公園依然隸屬於內政部，而林務局及水保局也還是在未來農業部轄下。
地球公民基金會執行長李根政直言，組改結果「並非從大格局思考，而是屈從於各單位的本位主義。」
保育業務擴及淺山 林務局、水保局續留農業部
此次組改規劃，農委會正式改制為「農業部」，林務局及水保局分別升格為「林業及自然保育署」及「水土保持及農村發展署」。農委會主委陳吉仲指出，前者強調產業與保育並重的森林政策，後者則預計投入更多資源，發展以農業為主體的鄉村建設。
林務局主任秘書邱立文說明，林務局1999年隸屬「行政院農委會」，從業務執行變成政策規劃單位，加上2004年承接農委會林業處森林科及保育科業務，成為我國森林及自然保育主管機關，在業務增加的情況下，組織人力從未大幅調整，執行效能始終「綁手綁腳」。
邱立文舉例，林務局過去保育工作主要聚焦在林務局管轄的土地（如國有林班地），但目前保育業務已擴及到淺山、農田，還需要基本農業、地景等面向的人才；而2017年開始推動國產材後，也發現在行銷及市場規劃的面向仍有不足；至於育樂業務，也預計在森林遊樂區中新增更多經營管理、景觀設計等方面的人才，以提供大眾更完善的服務。
另外，林務局保育組業務目前分為「野生物保育」及「棲地經營」兩科，組改後也將擴編增為四科，預計可更細緻規劃業務。
業務增多的還有水土保持局，副局長林長立則說明，由於農村再生量體增大，社區數量也不斷增加，過去曾考量將水土保持及流域治理等業務挪至環境資源部，但因水土保持及農村再生兩者「相輔相成」，最終認為不宜分割。他認為水保局升格「水土保持及農村發展署」，相關政策執行上不會有太大差異。
水土林整合破局 李根政：屈居本位主義的結果
此次組改規劃，國家公園依然隸屬於內政部，林務局及水保局也還是在農業部轄下。地球公民基金會執行長李根政批評，「水、土、林」整合的概念完全破局，許多業務重疊的國家保育機構，並未藉組改機會調整，組改結果「並非從大格局思考，而是屈從於各單位的本位主義。」
我國國家公園陸域面積有96%與國有林重疊，但國家公園與林務局權責分工不同，《森林法》、《野保法》或《文資法》範疇主要由林務局負責，國家公園則著重在遊憩、環境教育及其他不涉及基本林業經營管理的保育工作。
不少民間團體曾建議，國家公園、經濟部水利署等涉及保育及林業的單位，應該併入環境部或林務局。李根政強調，組改目的在於提高效率、整併及精簡人事，避免「同一空間有兩個部會」的情形。
李根政指出，國家公園成立目的即是保育特殊的自然環境與維護生物多樣性，業務涉及廣、常須與各部會協商，而目前無論是陸地或海洋生物保育，只要牽涉到《野保法》規範都是由林務局負責，整併可避免疊床架屋、重複投入保育資源的問題，統一由林務局負責協調工作，否則續留在內政部，「也只是換個機關協商」。
退輔會仍可經營棲蘭、明池29公頃遊樂區
國有林班地的經營及管理權都由林務局負責，不過位在棲蘭山與大甲溪兩處共計約8.8萬公頃的林區，卻是林務局握有管理權，但主要由退輔會森保處經營，在組改規劃下，森保處業務將全數回歸至「林業及自然保育署」。
歷年組改會議，林務局皆主張森林遊樂區屬於林業經營的一環，經營權依法回歸林務局，但由於棲蘭及明池兩森林遊樂區為森保處最大收入來源，退輔會表達希望保留棲蘭及明池遊樂區（包含神木園）的經營權。退輔會森保處企劃組組長于幼新表示，森保處屬於基金預算機構，必須自負盈虧，若失去森林遊樂區這塊收入，林區經營業務將陷入困境。
經過初步協調，邱立文表示，棲蘭及明池總計29公頃的遊樂設施區會交由退輔會代為經營，其他林區範圍則由林務局管理。
新設「資源永續永續司」 整併農業淨零與調適
為了因應氣候變遷、農地保護、環境永續等議題，去年9月成立的「氣候變遷調適及淨零排放專案辦公室」將整併升格「資源永續利用司」，推動農業部門的氣候變遷調適策略及淨零碳排路徑。
農委會企劃處處長、淨零辦公室執行長莊老達指出，去年因應大環境需求才成立淨零辦公室，但偏任務導向，原有組織架構無法統籌處理氣候變遷業務，組改後就可正式設立為農委會下的常設科。資源永續利用司也預計在「農業循環」議題投注更多資源，例如將農業剩餘資材，進行循環再利用。
莊老達補充，淨零辦公室成員大部分來自農糧署、漁業署、林務局、林試所等農委會附屬機關，並非來自農委會本部，雖然指揮上沒有太大困難，但「有種不名正言順的感覺」。未來組改後，在人員編制上業務職掌會更明確，也更有制度處理相關業務。
動保、畜牧分家 動保司統包寵物、經濟動物、實驗動物
動物保護最高主管機關「動物保護科」隸屬於農委會畜牧處，常引來動保、畜牧不分家的批評，第一波組改就有催生「專責動保司」的民間運動。而此次組改決定將畜牧處改為「畜牧司」，並新增「動物保護司」。
農委會畜牧處副處長江文全說明，雖然目前分工沒問題、業務也並無重疊，但外界多認為畜牧生產及動物保護的價值互相衝突，加上動物福利越來越受重視，才將畜牧處改為「畜牧司」，並增加「動物保護司」。未來「畜牧司」將專職產業面的業務，而原由動物保護科及寵物管理科執行的動保業務，包含寵物、經濟動物及實驗動物，都會挪至「動保司」處理。
至於分科依據，江文全則說，為避免混淆，不會依動物分類設專門科別，而是以業務屬性分科，例如同一隻動物因為飼主的使用目的不同，而有不同分類，就像寵物業及科學應用上實驗動物，屬性不同，業務上就會分屬在不同科別。
動團：經濟、實驗動物專科「分家」 才能顧好動物福利
對此，台灣動物社會研究會執行長朱增宏表示樂見「動保司」的成立，但動保司應替經濟動物專設一科，否則組改還是會留下漏洞。朱增宏解釋，國內經濟動物相關規範常被納入產業發展考量，若組改後還是沒有經濟動物的專門科別，「那（經濟）動物的動物福利是什麼？」
朱增宏補充，若要強調「分家」，建議將寵物、經濟動物、實驗動物都明確區分，並設立不同的專業科別，才能有效協調動物福利的促進及產業發展。
