今年5月農委會聲稱為「有效管理」珊瑚採補，公佈「漁船建造許可及漁業證照核發準則」，並開放原96艘違法珊瑚船合法捕撈珊瑚，引發輿論撻伐。昨(16日)立法委員田秋堇召開公聽會，重新檢討開放珊瑚漁業政策。保育團體及專家學者指出黑珊瑚已列入CITES(華盛頓公約)二級保育物種，紅珊瑚也可能於2010年列入，寶石珊瑚貿易將受嚴格規範，珊瑚採捕必須符合「無傷害採集」的標準。
農委會漁業署漁政組組長黃明和表示，2005年因出口古巴的一批珊瑚有問題被擋下後，才開始清查國內的珊瑚漁業。根據FAO(聯合國世界糧農組織)的統計，台灣寶石珊瑚平均年產量高居世界前五名，但在漁業署的漁業年報卻無任何統計資料。另外，也發現台灣合法的珊瑚船僅3艘，而高達96艘無營業執照。「為有效管理珊瑚漁業，因此重新開放漁船申請執照，目前共有89艘漁船提出申請。」黃明和解釋。
但是，反觀農委會所修正的「漁船建造許可及漁業證照核發準則」，是否真的可以達到「有效管理」？屏東科技大學野生動物保育研究所教授裴家騏認為：「漁業署修定的規範，無法達成生態與產業平衡，反而將使珊瑚產業成為落日產業。」珊瑚漁業管理僅規定「單船美年出口量以120公斤為限」，並無提到總量管制，引發保育團體質疑。漁業署表示，已將總量管制納入修正改進。
寶石珊瑚中的黑珊瑚已被列為CITES第二級保育動物，進出口貿易要有「產地證明」和「無害性採集證明」，而紅珊瑚在2007年也被美國提議列為二級保育動物，但在突尼西亞的反對下，雖贊成票多於反對票，卻因未達2/3，而沒有通過。農委會林務局保育組組長方國運和裴家騏均表示，紅珊瑚最遲於2010年會列入CITES附錄二物種，屆時珊瑚貿易將受嚴格規範。
中央研究院生物多樣性研究中心副研究員陳昭倫提到，台灣珊瑚捕撈採用的是「糾纏網」(俗稱珊瑚網)，在美國是被禁用的「非選擇性漁法」(又稱不永續漁法)，因糾纏網會干擾其他海洋生態系，並破壞深海珊瑚礁。漁民則表示，多年累積的經驗，加上GPS定位，定點捕撈不會對破壞海洋生態。裴家騏進一步提到，若依現行的規範，台灣漁船捕撈珊瑚的方式，無法被證明是「無害性採集」。
陳昭倫表示「不管漁法如何改進、經驗多老道、技術多好，糾纏網還是不永續漁法。」目前世界各國對珊瑚漁業的管理趨勢，以選擇性漁法為主軸。陳昭倫建議農委會漁業署應輔導漁民改用水肺潛水、遙控載具、載人潛艇等選擇性高、不傷害其他海洋生物與棲地的「選擇性漁法」。
