為解決2001-2005年期間，多次風災造成石門水庫原水濁度飆高引發的缺水危機，立法院2006年1月13 日通過「石門水庫及其集水區整治特別條例」，第一階段（2006-2008）計劃即將屆滿，經濟部水利署日前召開工作會議，討論第二階段方案內容。
在上週（8月5日）召開第11次「石門水庫工作小組會議」上，除了討論通過將向「石門水庫及其集水區整治推動小組」提出的「石門水庫及其集水區整治計畫的第二階段執行計畫」，同時也聽取台經院對於整治效益評估的初期報告，農業委員會水土保持局則報告其所進行的生態檢核表的進度。會中並且決定爾後各工作分組召集人改由官方代表出任，原先擔任召集人的學者均改任顧問。
值得注意的是，原先希望退出整治計畫的原住民委員會，在原住民團體以及水患治理監督聯盟等關切之下，在第二階段計畫中持續編列約1.5萬元的經費以維持復育團的運作，並且在工作小組召集人水利署副署長楊偉甫的提醒下，承諾將檢討復育團業務的方向，未來將以保育為主。
對照之前所提出的整治計畫，在第二階段執行計畫中最大的修正就是增加了預算高達39億元的中庄調整池做為水庫濁度上升時的緊急備用水源。因應此新增工程，調整了不少的項目，最重要是將約9億元的經費以加強水力排砂的排洪隧道，不再列最優先工程。另一方面上游集水區山坡地治理經費也縮減了約 7億4千萬元。
列席工作小組會議的水患治理監督聯盟表示，肯定水土保持局實施生態檢核表的決心，也樂見上游集水區的工程量減少。但對於中庄調整池排擠到排洪隧道改造工程則持保留意見，認為應就上游集水區工程部分再減量才是正途。聯盟表示，在第一階段的參與過程中與水保局多次折衝之下，終於能在第一階段治理中節餘了 7億4千多萬的工程款。
然而，另一方面，水保局又將上述預算投入第二階段的工程之中，如此則第二階段中集水區治理工程量並沒有實質的減少，水患治理監督聯盟特別對於並非重點崩塌區域的卡拉溪也投入數億經費整治表示無法認同。聯盟指出，由北水局在2007年底的淤積測量結果卻顯示，在上游集水區許多的防砂工程進行之後，當年並沒有造成大量崩塌的韋帕及柯羅莎颱風卻帶入近950萬立方公尺的淤積。這是石門水庫史上第三大的淤積量，僅次於艾利颱風和葛羅禮颱風。也再次證明颱洪造成濁度上升時所帶入的淤積才是石門水庫淤積的主要來源，能降低濁度上升的水力排砂才是減少淤積的正途，反而上游集水區的防砂工程昂貴而且無效。
攤開水保局所做的整治率曲線，監督聯盟發現整治率的上升大多來自庫區的排砂以及浚渫，而非來自上游的整治，因此該聯盟呼籲整治經費的分配應以排洪隧道的改造優先而非以上游防砂工程優先，也希望水利署原先承諾在8月底至9月初召開的第一階段整治檢討會，能就這個議題徹底的討論，對上游防砂效益提出令人信服的評估。否則，監督聯盟表示，不排除發動正式的聽證會，廣邀學者一同檢視此一問題。
石門水庫整治經費分配(億元)
| 計畫名稱 | 提出日期 | 庫區 | 供水 | 集水區 |
| 第一階段經費 | ||||
| 第一階段執行計畫 | 2006.5 | 52.5 | 27.51 | 59.99 |
| 第二階段經費 | ||||
| 整治計畫預定 | 2006.5 | 47.6 | 21.99 | 40.41 |
| 第二階段執行計畫(稿) | 2008.7 | 59.45 | 21.99 | 28.85 |
※ 本文同步刊登於水患治理監督聯盟網站
※ 經濟部水利署石門水庫及其集水區整治計畫專屬網站
※ 石門水庫及其集水區整治計畫資訊公開要點
※ 石門水庫及其集水區整治特別條例(Word檔)
