隨著五都首長底定，五都升格將接著面臨整併、治理問題，其中又以5原住民鄉成為區治後，區長官派，架空原住民自治最受非議。目前，除了高雄市長陳菊簽署「高雄縣市合併原住民族權益政策白皮書」，尚有台中縣和平鄉併入台中市、台北縣烏來鄉尚未解套。
台灣原住民族部落行動聯盟為首的多個原住民團體也於選前集結行政院抗議，強調地制法並不適合原住民部落，要求行政院透過命令解釋或修法等方式維護原住民權利。
原住民政策協會監事拔尚表示，台灣自2005年頒布《原住民族基本法》，之後未制定子法，原住民期待已久的自治依然落空；但現行制度，原鄉仍能選出原住民的村長與鄉長，保有微小卻仍存在的「自治」，鄉內的土地審查委員會至少還有機會參與。五都整併後，全部改為區，依據《地方制度法》為官派，但這與原民法第20條「政府承認原住民族土地及自然資源權利」衝突。
拔尚說，原住民族基本法是依據憲法增修條文制定，不是原住民的事情是屬於全台灣人的法令，但卻無本土化思維，只有墾殖者／漢人思維，拔尚說，原民法明訂原住民在自己的土地、種族、文化以及生態環境上擁有治理權，但在墾殖者思維下，將原住民視為需要救助的弱勢、關係是不對等的，並迫使原住民與土地剝離。
拔尚舉例說，就像原住民的農業，是將土地以及其上所生長的物種當做生命的一部分，善待而獲得回報，和土地的關係緊密，不是到哪裡都可以生活，是一種適應土地的自然耕作的方法。
這也說明八八水災原住民為何死守家園，他們感受和土地的關係，卻無法以語言表達（或不善表達／利用信仰的語言表達）。「土地是原住民實踐語言、文化的場域與空間。遷村意味著土地關係被拔除。這樣的原住民族，將徒留軀殼。」拔尚說。
過去受限中央行政單位與地方政府制度，土地管理掌握在農委會和營建署，原住民實踐的空間基礎消失了，為了維護重新建立與土地之關係原住民要自治。
此次由聯盟提出的「高雄縣市合併原住民族區政策權益白皮書」為例，3項政策原則為以新夥伴關係精神，落實原住民族基本法；那瑪夏、茂林及桃源3個原住民族區與高雄市（政府）建立平等互惠的夥伴關係；以原住民族自治為目標，辦理各項自治立法、組織與培力等工作。即使高雄市當選人陳菊簽署此份文件，但如何落實，仍有待觀察；而台中市以及新北市政府是否也能釋出善意，仍為未知數。
對於行政院屢次不回應，原民團體表示政府不該再玩弄原住民，並揚言不惜向海牙國際法庭提出告訴，控告政府違反《原住民族基本法》及憲法。
