2010年1月21日，最高行政法院判決中科三期后里七星基地環評無效定讞，並駁回環保署上訴，維持2008年1月台北高等行政法院撤銷中科三期環評審查結論之原判。這是環評法實施以來，首宗已通過環評審查的案子被最高行政法院撤銷。撤銷的理由在於，此案有重大影響環境之虞，卻未進入二階環評審理，而以有條件通過作為結論，程序上不符《環評法》規定。
依《環評法》第14條規定：「未經完成審查或評估未經認可前，不得開發行為之許可。」居民、環保團體與法界人士原本認為，結論既已被法院撤銷，環評等同無效，原開發許可也跟著失效，因此強烈要求環保署須依判決結果要求中科先行停工，再從頭仔細審查環境評估，特別是補足健康風險評估。
然而環保署認為「裁定停工」是中科管理局的主管機關─國科會的權責，並以中科三期「曾通過環評」，認定不適用環評法第14 條與第22條來詮釋，而本案應依照行政程序法，而非環評法辦理。不管是國科會或環保署，均拒絕要求中科三期停工。環保署更以對廠商的信賴保護原則為由，僅要求開發單位一邊繼續運作，一邊補做健康風險評估、「補完」環評程序即可。
環保署並於2月初於各大報刊登廣告，強調署方「以法行政」，並批評法院判決「無效用、無意義及破壞現行環評體制判決」。
4月6 日，環保署召開環評大會決議此案環評「延續審查」，而非重做環評。爾後環評議程中另召開健康風險評估專家會議，因與汙染議題相關，受到居民與環團密切關注。
由於七星基地中科廠商未曾停工，甚至日夜趕工，5月31日后里農民再赴法院提起行政訴訟，請求確認國科會就中科三期七星案所核發的開發許可無效。
7月30日，台北高等行政法院准許后里農民的「停止執行」(對國科會)與「假處分」(對環保署)聲請。法院裁定中科三期必須停工，判決主文指出，環保署應於收到裁定文7日內，逕命國科會中科管理局自即日起，在中科三期七星基地重新通過環評審查前，停止實施開發行為。
判決後，環保署長對外表示「後果法院自行負責」。行政院長吳敦義亦提出「停工不停產」之說，片面解釋停工僅限「政府的開發行為」，進駐廠商不會被要求停工，招商如常進行。
8月10日行政院召開記者會，在法務部背書之下，依然做出「停工不停產」之決定。國科會副主委陳正宏表示，法院裁定效力不及於當事人以外的第三人，因此准許友達與旭能繼續營運建廠；而為了確保廠商順利營運，園區連外道路、廢水排放、電力、水源等輸送也不受影響，不用停工。環團與律師抨擊，如此「切割式的停工」與不停工根本沒什麼差別。
另一方面，環保署加快專家會議討論與環評審查的時程。8月31日，此案環評再度通過，仍未進入第二階段審查。環保署長表示「環評審查是讓事實呈現、尊重專業，審查過程也採取了最公開透明的機制」。
9月2日最高行政法院駁回國科會與環保署的抗告。然而環評已經通過，再也無濟於事。當日環保署公告環評審查結果，9日國科會發文中科管理局做成開發許可，中科三期七星基地廠商在從無實質停工的狀態下，再度確保開發。
針對中科三期環評爭議，監察院在12月21日公布調查報告，指責國科會未將健康風險評估即時送審，環保署延至2010年4月才發佈「健康風險評估技術規範」，未要求國科會補件快速送審，擴大爭議。同時也指責司法機關審案未尊重利害關係人，並過度介入環評會議專業妥當性審查。
但爭議尚未落幕，10月15日，環保團體與農民委請義務律師團提起公民訴訟，直接訴求中科三期基地的廠商友達和旭能進行環評，12月2日假處分第一次開庭。中科三期環評與司法的爭議，勢必延燒到2011年。
【相關連結】
- 中科三期環評爭議詳細整理暨時序表(賴慧玲整理)
- 2010年司法槓上環評事件彙整(賴慧玲、謝雯凱整理)
- 失竊的未來：中科三期偷走了什麼(PNN)
- 環境報導：中科三期 (朱淑娟小姐對中科三期完整的系列報導。含2010曾虛白公共服務報導獎得獎作品)
- 中科三期-司法爭議精選回顧 (TEAN台灣環境行動網)
- 中科三期環評撤銷案：法律人的嚴正聲明(連署網站)
- 中科三期懶人包(PPT下載) (反中科熱血青年聯盟)
- 反中科資料庫
- 環評歷險記：從中科三期環評無效談起 (結合研究報告，完整解析台灣環評制度現行狀況與隱憂。)
- 環評抓鬼記(一)~(五) (苦勞網對中科三期環評的評論分析)
- 風險評估規範粗糙 環署迴避修正 (本文帶讀者探討風險評估規範與執行的現況與缺失)
- 公共電視我們的島-中科三期‧環評聖戰
- 中科效應 台東美麗灣又動工 (中科首開惡例之後，停工不停產又一例)
