據中國科學報報導，自2000年以來，鄱陽湖連續多年出現旱情。有專家這屬自然規律，但也有專家認為不可忽略非法採砂、水利設施截流等人為因素的影響。但爭議不限於此，在當地官員看來，建大壩防止湖水入長江是解決鄱陽湖水危機的當務之急；但有批評者認為，建攔河堰將極大改變鄱陽湖的生態環境，溼地化為水壩將產生難以預料的後果。
2012年1月6日，鄱陽湖都昌水文站觀測，當日鄱陽湖水位為7.95公尺，跌破1952年該站有實測資料以來的歷史最低水位，面積只為豐水期的1/20。鄱陽湖水位急劇下降已經導致都昌縣城12萬居民生活用水出現困難。
報導指出，相關水利專家認為雖然2011年江西降雨量比平均低，但並非最低的一年，因此本次乾旱決不能忽略非法採砂、水利設施截流等人為因素。另一位專家表示認同，鄱陽湖乾旱的直接原因是匯入鄱陽湖區的水量減少了，但是降水的減少程度能否引起如此嚴重的乾旱還有待研究；但能夠確定的是，鄱陽湖流域城市與經濟的發展肯定對此次乾旱有著不可推卸的責任。例如大量的水泥路面，以及以水泥舖設河堤，直接導致在地表水難以匯入河流，減少河流水量。
鄱陽湖地區包含南昌、九江、上饒3個市以及12個縣市區，涉及水利、環保、農業、林業、交通、土地以及衛生等多個部門，管理十分複雜。城市間在鄱陽湖管理上未形成統一的標準，導致資源開發出現惡性競爭。就專家看來，解決的辦法是建立統一的管理標準，規定什麼能「吃」、一次「吃」多少。
報導指出，對於治理鄱陽湖乾旱問題，地方政府似乎已等不及學者拿出解決方案，他們打算採取一種似乎更加直接有效的方法是建水利樞紐工程。2012年2月1日，江西省省長表示，今年將支持鄱陽湖申報世界遺產，並力爭鄱陽湖水利樞紐工程儘早獲得國家批準開工建設。
據悉，鄱陽湖水利樞紐擬建於鄱陽湖入長江通道最窄處，即在星子縣的長嶺與都昌縣的屏風山間，修建一個由108個水閘組成的水利樞紐工程。工程建成後，將交由長江水利委員會統一調度，採取「調枯不調洪」的運行方式，發揮鄱陽湖分洪作用，在枯水期則關閘蓄水。
當地官員表示，建大壩是解決鄱陽湖水危機的當務之急，不但可以保證鄱陽湖枯水期有水，還能改善水質，一併產生一系列綜合效益。。然而此觀點遭到一些專家的質疑，反對這種以「動手術」的方式解決乾旱問題的方案，並認為這將破壞鄱陽湖區的生態。其中最有可能發生的後果之一就是將給來鄱陽湖區過冬的西伯利亞白鶴帶來滅頂之災。
事實上，類似的事件已在2010年發生過。當年夏天鄱陽湖區發生特大洪水，其最高水位距歷史最高水位相差不到一公尺。這種高水位的環境使鄱陽湖地區沉水植物大量死亡，繼而使當年年末前來越冬的白鶴食物出現短缺。雖然當地政府採用多種方式為白鶴等鳥類投餵食物，但是卻產生了事先沒有預計的後果，由於不適應人工食物，當年白鶴產卵率極低。
專家表示建設「水利樞紐工程」肯定會對白鶴這一物種造成嚴重不良影響。一種物種滅絕可能短時間對我們人類自身難以造成明顯影響，但是從長期來看，極有可能毀滅一個生態系統。
