中科四期二林園爭議，除了強徵土地、破壞農地、廢水排放位置等，因著溪洲在地詩人吳晟、溪州子弟吳音寧與地方農民反對從莿仔埤圳，取走珍貴的灌溉用水作工業永水，發動大規模抗爭，在2012年從2012年3月到8月間，這5個 月的紛擾轉向另一個面向──園區轉型。
由於中科四期一開始是應友達電子需求而設，後友達表明不進駐，國科會又招商不利，遲遲招不到所謂「高科技」廠商進駐，再加上民間團體採取法律行動，主張已通過的環評未充份考量健康風險，多項官司還在進行中，能不能順利運作都成問題的情況下，從溪州人從2011年開始的「反搶水」運動，持續監督農田水利會的輸水工程（溪州農民稱為「搶水工程」）是否提前偷跑，造成不可回復的破壞。
為了這項「中科四期調度使用農業用水計畫工程」，國科會中科管理局編列23億元預算，委託彰化農田水利會沿著莿仔埤圳水源頭，開挖堤岸道路埋設輸水專管24.3公里，穿越溪州、埤頭兩鄉鎮，引發溪州農民搶水的危機意識。
因上述種種緣故，國科會在3月8日報請行政院重新檢討，研擬轉型；同日，國科會向廠商要求配合政府的考慮暫停施工輸水工程，同月21日，副主委賀陳弘宣布，「朱（敬一）主委已明確向大家表示，3月8日國科會就向廠商要求配合政府的考慮暫停施工，國科會已聽到大家的聲音，做這樣的決定。」沒想到抗爭農民笑開沒多少日子，3月26日農民北上抗議，拿著怪手打樁的照片問「這樣叫停工嗎？」不解官員可以當眾騙人。結果國科會在4月10日發出新聞稿稱「支持及反對工程雙方爭議日漸加劇」，所以只停工三日，且強調這是「避免不必要的社會衝突」。4月12日農民再到行政院大門前，頂著烈日從上午等到下午，結果等到政務委員張善政一句「這有合約關係，不能隨便講一句話就叫他們停工。」匆匆丟下「一周後開協調會」後快速離開，活脫是獨立記者朱淑娟筆下「政府耍賴、官僚推拖」的現形記。
4月19日國，朱敬一宣布重新調整園區方向，但目前所有依舊的計畫所進行的工程，包括引水、電力、工地等等，在中科四期協商轉型定案前，都不會停工。
到了5月31日，朱敬一表示6月初將送中科四期二林園區修訂案到行政院，在行政院核定前暫停從莿仔埤圳水源頭到12公里屬溪州鄉的路段。
到了8月13日，朱敬一終於定調轉型為「精密機械園區」，將精機產業從原來10%，調高為35%，並且承諾減少用水，減少污水排放。。
而在10月11日，高等行政法院判決撤銷中科四期開發許可，理由是此開發案在國土利用上不適當也不合理、選址位於優良農田與地質災害區（地層下陷區）卻未審酌審查委員針對農業影響及地層下陷所提的專業意見、開發使用大面積公有耕地未考量我國糧食安全及永續發展。民間針對此案開發許可，告環保署五次、內政部四次，還有一次訴願，總計十次全輸，朱敬一則老神在在，說「只會是插曲」，有信心上訴成功，無礙招商。
二林園區當址是依友達需求選址、彰化縣爭取後落腳彰化縣二林鎮。如今轉型雖定調，但否能轉型成功則是還是沒有定案。目前，園區內只有僅有專營醫療耗材的愛民衛材公司進駐。
