東半球的探索之旅［一八五四-一八六二］：
採集生物標本，記錄原往民的社會與文化
完成「生命體起源」的論文，並提出「華萊士線」論點（下）
華萊士的足跡幾乎遍及了馬來群島中的各個島嶼（尤其是今日的印尼），其中在有些島嶼上甚至留連忘返、一再登島考察。他的旅行見聞在《馬來群島自然考察記：紅毛猩猩與天堂鳥的原鄉》中有生動、精彩與忠實的記載。華萊士到馬來群島的的另一個大目的是採集天堂鳥。
1958年1月8日，華萊士抵達德那地（Ternate）小島。他打算以此島為根據地，四處採集標本。然而在此地時，他卻不幸染上瘧疾，體力極差，只得暫時擱下採集工作並由助手代理。當瘧疾發作時，全身非常怕冷；即使當時氣溫高達31℃，全身還是冷到顫抖不止。這些沒辦法下床採集的日子，想不到卻可用來趁機思考久懸未決的「生命體演變的理論」。
有一天，他不知為何想起12年前讀過的《人口論》一書，作者馬爾薩斯（Thomas R. Malthus, 1766-1834）清楚地指出「控制人口增加的是疾病、意外、戰爭及飢饉」。未開化地區的人口死亡率遠大於已開發的文明地區，且在當時疾病確實是控制人口量最主要的原因之一。那個年代（1845年到1852年）的愛爾蘭因饑餓與疾病交迫，死亡人口達上百萬人，加上逃亡他鄉謀生的百萬人，愛爾蘭的總人口銳減至原來的四分之三；而華萊士的9個兄弟姊姊中，在他30歲時已有6個人過世了。
華萊士隨即聯想到這種控制人口數量的方式也會發生在動物族群量上，且只有族群中最身強力壯、行動敏捷、靈巧多謀、善於捕食與消化快速的個體在面對競爭時最易存活下來，亦即「最適者始能存活」。因此，氣候的遽變、食物的欠缺、疾病的流行、天敵的攻擊等來自自然界的壓力，加上從他的採集經驗中得悉即使同一物種的不同個體之間亦有差異存在。凡是能適應自然變動的個體，其存活機會才會較高，也因此有更高的繁衍機會，並可產生更多的後代。
華萊士終於領悟到夢寐以求的「物種起源」與「新物種誕生」的答案了。他也發現19世紀著名的「拉馬克學說」之缺失。拉馬克（Jean-Baptiste Larmarck, 1744-1829）於1802年發表在《動物學報》中「用進廢退」詮釋物種多樣的說法，然而此說法頗受爭議。拉馬克認為生物體為了因應環境壓力而獲得的性狀是可以遺傳的。
華萊士一俟瘧疾病稍微好轉，便馬上著手撰寫一篇精簡論文，打算在數天後郵輪啟程返英國時寄給達爾文。這時已是1858年3月1日了，而郵船是再過8天就要起錨離開德所地。達爾文宣稱他於1858年6月18日收到華萊士的這篇論文。相隔3個多月的郵寄時間是有點長；而當達爾文讀了華萊士的簡短論文，想必定是百感文集。根據華萊士自傳中的記述：「達爾文覺得不正是讀著自己的理論嗎？華萊士的那封信，不正是他未脫稿的《自然選擇》一書的摘要嗎？」
華萊士郵寄的那篇論文是〈論變種自原型永久分離的天性〉（On the Tendency of Varieties to Depart Indefinitely from the Original Type）。論文付郵後，他馬上又忙於另一個長途探險計畫：到新幾內亞探險幾個月。當時的新幾內亞還是一個幾乎沒有歐洲人曾花費較長時間探索過的地方，也是荷蘭政府勢力所不及的邊緣之地，更是一塊真正的處女地（terra incognita）；那裏有著華萊士此行前來馬來群島最重要的目的之一：天堂鳥。而正當達爾文在驚恐與壓力下夜以繼日的撰寫《物種起源》（On The Origin of Species）的同時，華萊士則正在新幾內亞採集「天堂鳥」的標本呢。
天堂鳥的美麗非凡早已為博物收藏家口耳相傳。早在華萊士來到原產地採集天堂鳥的100年前，物種分類與命名大師－林奈，在1760年便已把天堂鳥屬（Paradisaea）中最大型的種類命名為大天堂鳥（Paradisea apoda），而因為命名時根據的是雙腳被斬掉的標本，故種名為「無腳」（apoda），並以為這種鳥類終生在空中飛翔因此無腳，可見當時的科學家對天堂鳥是多麼的陌生。華萊士在他1869年出版的《馬來群島自然考察記：紅毛猩猩與天堂鳥的原鄉》中，對天堂鳥有極為精彩的描述，同時對物種棲息地保育之必需性也早已洞察無遺。
華萊士的另一項科學成就是於1860年在馬來群島之間劃出的一條線。這條線是南起印尼峇里島與龍目島之間的海峽，往北通過婆羅洲與蘇拉威西兩島之間的望加錫海峽，再由北偏東通過菲律賓的棉蘭老與桑吉爾群島之間的海域，東出太平洋。
這是他根據動物類別在地理分布上的差異，將其分成兩個動物地理區的分界線。華萊士把群島一分為二：西北半部稱為印尼－馬來區，以胎盤動物為代表；東南半部稱為馬來－澳州區，以有袋動物為代表。這條線即為「華萊士線」。華萊士劃下那一道線時，他當時還不知道那條線其實是地球上兩大陸洲相對移動後所殘留的蛛絲馬跡。後來調查更多物種資料後，華萊士線往東做了修正，更靠近新幾內亞。華萊士也因此被尊稱為「生物地理學之父」，以紀念他在動物地理分布現象上的貢獻。 （待續）
