中科三期在2006年通過環評後，卻也展開了多年纏訟。歷經法院撤銷環評與環署再通過環評，目前此案仍處訴訟進行中的狀況，今年1月環署於環評大會中決議此案二階環評，並訂出原審查結論將在二階環評完成後始失去效力的前提。如今兩造已展開和解方案討論，環保署卻仍按計劃舉行二階環評的範疇界定會議，當地民眾與聲援團體認為一邊談和解一邊跑環評程序實在誠意不足，會議中充滿爭議與阻擋的聲音。
中科三期（后里基地-七星農場部分）全區已開發92%，且目前有兩家廠商在其中營運，在這樣特殊的狀況下才要補作二階環評，每次會議都爭議不斷。在訴訟過程中，中科局不斷提出和解，原先當地抗爭農民不願接受，只願中科三期離開，但眼看已經蓋成，恐怕很難趕走，才讓步展開和解的談判。
既然雙方有意和解，台北高等行政法院要求兩造在本月14日前提出和解方案，並展開庭外和解的討論，並訂在本月25日開庭，預料不管是破局或是有共識，當天至少會有初步的結論。因此民間認為，在和解未達共識前，環署若如期舉行原訂在9日、16日與23日舉行二階範疇界定會議，將使兩者產生矛盾。
雖然上午擔任主席的環保署副署長葉欣誠指出，法院7日才發出通知，環署今早才知悉這件事情，但他還是認為兩者同步進行無妨，因為範疇界定的討論將花上不少時間，他估計不可能早於和解。葉欣誠也明確表示，若是談出和解共識，當然是擁有法律效力的和解為準，而若和解內容與範疇界定的討論有所衝突，環署也願意從頭討論相悖的項目。
但民間質疑此舉不但多此一舉，耗費正在農忙的農民時間與精力，且和解與環評兩者同步開跑也讓他們感覺不到誠意。「要是你們環評已經審完了，就跟農民說『你們不接受和解也沒差，反正我們審完了』怎麼辦？」蠻野心足律師蔡雅瀅提出擔憂，並表示這樣可能走向第三次的訴訟，這樣當地農民將繼續看著中科三期汙染環境。
對此，環署也做出退讓，表示先行取消16日與23日的議程，待25日開庭之後，再另行排定。但9日會議則以諮詢各方意見為由，仍繼續舉行。
雖然尚未進行二階環評要審核那些項目的實質討論，但中科與民間都發表了各自的「替代方案」。有零方案、開發地點替代方案、引進產業類別替代方案。
零方案指的是中科七星園區不開發，該地維持開發前台糖公司用地狀態。開發地點替代方案，中科則提出以基地北側的后里園區做替代，或以中部其他科學園區、工業區做替代。民間則進一步提出，應包括全台灣既有且無爭議的科學園區、現有閒置工業區都列入替代廠址的考量。
至於引進產業類別替代方案，則獲中科列為二階環評的主方案，提出將七星園區原有的單一光電產業轉型為加入半導體、精密機構、生物科技、綠能等其他產業，以成為綜合型科學園區。民間則再提出花卉、農業應用等高科技農業園區，以呼應當地產業。
民間另外提出要求主方案調整，產業廢水零排放或至海外3～6海浬處、空汙階段性逐次減量等，但中科對此表現出抗拒態度，指出若要廢水零排放，實在所費不貲且又高耗能，下午擔任會議主席的環評委員張添晉對此說詞並不接受，要求中科仍該進行評估，若100%零排放有困難，那麼就另提出例如50%、80%等回收方案，以提供討論。
民間在席間提供和解方案內容，包括開頭第一條便要求環署、科技部與中科局登報道歉承認錯誤，總共11點條件。律師們表示，此和解方案已經送交法院，正等待被告中科局與環署向法院作回應。會後葉欣誠接受媒體採訪，表示尊重司法，在開庭前環署對此將不會有任何回應。
作者
新店溪下游人，曾在成大中文與南藝紀錄所練功打怪撿裝備，留下《我們迷獅子》、《我是阿布》兩部紀錄片作品。現為人類觀察員，並每日鍛鍊肌肉與腦內啡，同時為環境資訊電子報專任記者，為大家搭起友誼的橋樑。