當利益團體的立場，建構在具排外性的價值觀時，就會造成本質上的衝突。價值判斷衝突是所有衝突類型中，最難達成共識的部份。因為，價值觀是意識型態的具體表現，而意識型態的形成，累積於特定歷史時刻下社會結構的影響，這些影響則源於團體在社會中擁有的能力與特權程度。因為是過去的累積，推翻舊有的意識型態或價值觀，等於是對過去的否定，因此改變團體或個人的價值觀是件極不容易的事。而進行政策決議、規劃設計時，根深蒂固、難以更改的價值觀經常地出現，就形成衝突。
在和平港開發案中，開發與否、或開發單位的施工方法選擇，最大的考慮因子即「經濟」因子，也就是「最省錢的方案就是最佳方案」。雖然在環境影響評估法，已明文規定開發行為的評估項目，應就物理及化學類(物化環境)、生態類(生化環境)、景觀類及遊憩類、社會經濟類、文化類，共五類分別進行。但對於開發行為引起的生態影響或社經文化影響，並不能用貨幣單位量計，亦即開發單位的成本效益分析中，很難將二者納入分析，沒有發言權的「環境」也就成了首席犧牲者。傳統的經濟效益分析只以自我為思考重心，這樣的價值觀，和主張關愛及尊重所有生命的價值值觀，當然會發生衝突。
雖然現在已有許多生態學家、社會學家、經濟學家，正進行以貨幣單位來表示生態、社經、文化價值的工作，但距離合理、且可被大眾接受的轉換方式，仍需要很多時間的試驗才能建立起來。
衝突實例：
花蓮港務局認為花蓮蘇澳二港尚有餘力擔負和平水泥專業區之運輸任務。若和平地區供需貨品由花澳二港負責，可以節省社會成本，達到物盡其用之原則。開發單位說明開建和平港可節省礦區到二港之鐵公路運費、並可免除港務管理費隨物價波動調高費率之因素。在經濟因素之考量下，說明開發和平水泥工業區之專用港之必要性。
台北市野鳥學會提出，和平水泥專業區及專用港的開發，二種珍貴育類野生動物-環頸雉、小燕鷗的族群繁衍棲地，將因而遭破壞。開發單位說明，根據調查及基本資料顯示，小燕鷗具遷徙能力、而環頸雉數量尚少，故在專用港北側設置綠帶，應足以提供野生動物之生活空間。
