台灣南部降雨季節差異極大，雨季雨量占全年九成，如何有效運用水資源成為南部各縣市的重要課題。全台最大的曾文水庫位於嘉義縣，未來將與南化水庫興建聯通管，讓嘉義到高雄調度更靈活，由於枯水期的水資源調度不容易，也出現區域競合的搶水之爭，因此高雄市持續擴大再生水的利用，台南市的白河水庫則力拼清淤及跨域引水提高供水穩定。
嘉義、台南、高雄水資源聯合運用 高雄市近七成用水來自高屏溪水
南部地區包括北港溪以南，包含嘉義縣、嘉義市、台南市、高雄市、屏東縣等地區。
嘉義地區每日需水約30萬噸，八掌溪的仁義潭、蘭潭水庫約佔1/3，惟兩水庫合計有效容量不及曾文水庫的7%，也只有烏山頭水庫的一半。因此，曾文－烏山頭水庫也常態支援嘉義地區供水，雲林的集集攔河堰水源也可透過林內淨水廠支援嘉義地區使用。
台南地區每日需水約93萬噸，是嘉義地區的三倍，主要水源來自曾文－烏山頭水庫聯合運用，約佔六成，另外約三成則由南化水庫引高雄旗山溪水支援。
至於高雄地區供水，每日所需水源約近140萬噸，約與台中市相當，主要水源來自高屏溪的高屏堰與伏流水，約佔整體七成，也因此從水庫水位即時資訊，較難直接反映高雄地區供水情形；阿公店水庫與旗山溪聯通管約佔3%；南化水庫也可供應高雄地區用水。取水自東港溪的鳳山水庫則主要供應給高雄地區的工業用水。
屏東地區則因南北狹長，分屏北與屏南供水系統，屏北地區每日需水約8萬噸，皆由地方性水源及地下水供應；屏南地區每日需水約9萬噸，由牡丹水庫及地下水供給。
曾文－南化聯通管拚2024年啟用 高雄台南用水合作更緊密
台灣南部地區豐、枯水期雨量差異懸殊，5~10月豐水期的雨量佔全年的九成，導致枯水期供水吃緊，因此讓南部地區在水資源利用、開發上更為積極，有許多台灣首創的方法。在區域調度管線上，過去已完成雲林與台南支援嘉義、台南及高雄的聯合運用等。
由於高雄地區缺乏大型蓄水設施，若遇枯水期，南化水庫將肩負高雄與台南兩區的支援供水任務。南化水庫於1999年完成越域引水，透過甲仙攔河堰引高雄旗山溪水送至南化水庫。高雄市水利局5月31日新聞稿指出，每日引水量為60.4萬噸，並「南水北送」支援台南每日約6萬噸自來水。若南化水庫有餘裕也可「北水南調」，透過聯通管最大可支援每日約50萬噸原水（CMD）到高屏堰。
水庫的聯合運用能讓水資源調度更具彈性，曾文－烏山頭水庫是台灣最大的水庫，有效容量為南化水庫的五倍以上，水利署透過前瞻計畫投入120億，闢建曾文水庫與南化水庫聯通管，串聯曾文水庫、南化水庫及高屏攔河堰，管路最大輸水設計為每日80萬噸，是桃竹幹管的四倍大，可健全南部地區供水備援系統，目標於2024年通水，讓嘉義到高雄之間的用水能互通有無。
然而，水資源調度也有區域競合的問題，豐水期時相安無事，缺水時各地都希望自己能優先用水。在今年旱情嚴重，高雄市議員黃香菽、鍾易仲、蔡武宏就連名投書媒體，批評枯水期時南化水庫「顧台南，不顧高雄」，導致高雄民眾要喝鳳山水庫裡的東港溪水。
另外，乾旱時，高屏溪上游的濁口溪遭築土堤引水到屏東縣高樹鄉作為農業使用，導致下游高屏溪水量不足，高雄市長陳其邁更親自率隊，漏夜拆除土堤，引發關注。經水利署協調後，兩縣市才達成共識成立監控機制，但高雄市府仍爭取高屏溪流域之水權應重新分配。
高雄第二座再生水廠拚明年啟用 白河水庫目標2027年復活
缺水時期水資源調度不易，調度雖然能讓各區域互相支援，但若水源真的不足，調水也有其極限，因此開發水源也是重要課題。然而，興建水庫爭議巨大，高雄的美濃水庫、屏東的土文水庫等計畫就嚴重受阻，水利署近年轉往新興多元水資源的運用，延長既有水庫壽命或推動再生水使用是主要方向。
高雄鳳山溪就擁有全國第一座再生水廠，於2019年完工，每日供應4.5萬噸再生水給中鋼使用。高雄第二座再生水場「臨海水資源中心」，目標於今年年底完工、2022年起用，每日處理5.5萬噸污水，可產生3.3萬噸再生水供應臨海工業區，減緩工業用水的供應壓力。
此外，台南的白河水庫嚴重淤積達六成以上，有效總容量僅剩947萬立方公尺，於2018年停止蓄水，啟動更新改善工程，第一階段將投入18億清淤、興建防淤隧道及水力排砂設施，目標於2027年讓水庫庫容恢復為1250萬立方公尺；第二階段將越域引水，透過4.2公里的管線，將嘉義澐水溪水引至白河水庫，讓水庫得以永續利用，目前已在進行環評階段。未來白河水庫順利供應台南，南化、曾文水庫也更有餘裕支援高雄地區的用水。
屏東縣政府則為防止超抽地下水導致地層下陷，耗資14億闢建大潮州人工湖，引來義溪水做地下水補注的「水銀行」，成為全國創舉；未來也計畫於林邊溪沖積扇扇央區的新埤鄉鄰近區域新建伏流水示範場址，將可供每日1萬噸水量，約等於4萬人的每日生活用水。
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