2000年4月4日經國務院批准建立了以中華白海豚、白鷺、文昌魚三個保護區為基礎的廈門珍稀海洋物種國家級自然保護區。其中：
（1）中華白海豚保護區：將第一碼頭和嵩嶼連線以北，高集海堤以南的35 km2西港海域和鐘宅、劉五店、澳頭、五通四點連線的同安灣口約20平方公里海域，總面積55平方公里確定為中華白海豚保護中心區，廈門市管轄的其他海域為保護區週邊保護地帶。
（2）文昌魚保護區：核心區面積58平方公里（其中黃厝海區18 平方公里，南線至十八線海區30平方公里，小嶝島海區10平方公里），其他為實驗區（5 平方公里）和緩衝區（2 平方公里）。
廈門水環境之地表水環境
廈門市地表水環境主要由星羅棋佈的水庫組成，據不完全統計，廈門建成並投入使用的水庫達106座，總容量21540.627萬立方米，主要用於農田灌溉、人民生活、生產用水等。
在廈門地區，最早出現的水庫是汀溪水庫，建成於1955年，因建在同安縣北部的汀溪境內，故以汀溪為名；庫容量最大的水庫為石兜水庫，壩高40.4米、長250米，庫容達6280萬立方米；最大的淡水養殖水庫為杏林灣水庫，可供水產養殖面積5萬畝；庫容最小的水庫是溪頭下水庫，其庫容雖僅3.6萬立方米。
「城市樂水行」是一個優質的環保產品，是自然大學的「水項目」。「自然大學」是由北京地球村、自然之友、北京綠家園志願者、全國大學生綠色營等多家環保組織共同發起的「虛擬社區環保大學」。
廈門的「城市樂水行」主要是考察廈門的地表水環境——走近自然，用自己的腳步丈量生活的城市，記錄「水自然」的變遷。
從2007年4月1日開始，第一期的考察海滄的塢窟水庫。至今，共走了15個水庫。考察的內容主要是水庫的水質、周邊生態、地理、人文、歷史……，其中有記錄廈門歷史變遷的「筼簹湖」，最具人文色彩的「情人眼淚——廈大水庫」，曾被譽為東亞第一水質的「上李水庫」……。
「城市樂水行」，每一期活動分為三步驟：
1、前期準備：資料收集、考察路線、發佈資訊、招募參與者、準備物資等。
2、活動：專家講解關於環保、關於水的各種知識；考察周邊的生態、社區、動植物、歷史；參與者感受分享；相片記錄；文字記錄；採集水樣等。
3、回饋：照片存檔、收集感想、帶隊隊長總結報告等。
根據廈門市地表水的使用現狀和今後發展趨勢，將地表水劃為三大類水域，即：特殊保護水域（Ⅱ類）、重點保護水域（Ⅲ類）、一般保護水域（Ⅳ類或Ⅴ類）。
水是城市變遷的鏡子，走在城市的「脈搏」上，我們看到了，我們記錄了，我們告訴朋友：有的水庫庫容已經減小很多了，已經不能用它灌溉、養殖、做為備用水源了；有的水庫已經消失；有的水庫周圍垃圾成堆；污水直接排近了我們的水庫；水庫邊有成片成片的死魚……
對比從前，將來有多遠？今天我們能做的是什麼？
※ 廈門綠拾字環保服務社最早組織眾參與環保活動始於1999年，願景為「通過自身努力，協助企業、個人、社會關注環境保護的重要性，促進人類環境和經濟的可持續發展。」進一步了解此組織請點選此處。
