根據國際農業生技產業應用服務中心(International Service for the Acquisition of Agri-biotech Applications, ISAAA)主席Clive James發表的2004年度報告，全球基因改造農作物的種植總面積已達8140萬公頃，其中種植面積最多的國家為美國、阿根廷與加拿大，前四大基改作物依序為大豆、玉米、棉花與油菜。以美國為例，其基因改造的大豆、玉米與棉花，相對於該作物總種植面積各占85%、45%與76%。
這些作物基因改造的品種特性依作物而有不同，大豆種植鋤草最費工，所以有研發出抗除草劑的基改大豆，基改玉米則以抗蟲為主，另外也有兼具抗蟲與抗鋤草劑的品種。這麼繁多的品種有一個相同點，這些基改種籽較一般的貴上兩倍，而且均被孟山都(Monsanto)、先鋒育種(Pioneer Hi-Bred International)與拜耳等數家大公司牢牢掌握，他們不但擁有基改種籽的專利，有時還搭售同家公司的農藥與農事機具。最令人詬病的是，為了維持每季的種籽收益，生技公司以專利權為藉口，要求農民不可以依照傳統習慣留下好的種籽至下一季播種。為了這個「留種」的習慣，美國已經有許多農民被告上法院，並賠償給生技公司一大筆錢。
小農民對抗大公司
1997年的某天，孟山都的稽查員在加拿大小農民施梅哲(Percy Schmeiser)的油菜田裡發現自家公司的專利基改品種。施梅哲並未購買孟山都的種籽，而是附近基改油菜的花粉隨風飄來，與他的油菜雜交產生種籽。當他一如傳統留下優秀的油菜籽隔季播種，他挑選的些種籽中其實擁有基改的種籽基因，於是便被控偷竊孟山都的專利權。
2004年5月加拿大高等法院判定施梅哲敗訴，但法院認定他並非故意偷竊，因此不必支付孟山都索求的20萬美元賠償金。
施梅哲的案例舉世矚目，這個法律判決證實了企業專利權不容侵犯，但也間接證實了基因漂流(gene flow)這回事，於是環保人士、有機農民與消費者團體紛紛援此判例向生技公司提出抗議或控告。有機農民往往是基改農作風潮下的犧牲者，只要他的田在基改農田的周邊，就有遭受基因污染(genetic contamination)危險。
基因漂流其實是生物進化的必要過程，譬如水稻花粉飄到其他相近種類的禾本科雜草，一旦授粉成功，這株雜草的雜交後代便擁有兩種植物的基因。單棵雜交物種不易存活，但大規模的雜交族群就有機會演化成新的品種。那麼，萬一當初授粉的水稻是基因改造的呢？
基因污染層出不窮
綠色和平組織中國分會2005年4月在武漢的家樂福賣架上，發現基因改造稻米的蹤跡。目前全球沒有一個國家核准基改稻米的商業種植與販賣，包括中國在內，那麼基改稻米是怎麼來的呢？綠色和平人員與媒體記者在當地訪查種植基改稻米的農民，循線找到問題稻米的來源：華中農業大學的基改稻米試驗計畫。他們懷疑該計畫研究人員將基改種子販賣給農民，但已遭到學校否認。
這不是單一個案，自1996年第一批基改番茄商業上市以來，基因污染的案件便層出不窮。基因改造的農作物，外觀上並不容易與一般作物分別，以致於農民可能在無意間種下基改作物，也可能混入其他一般農產品中賣進市場，或再賣給其他農民作為種籽。
當然，既然基改作物有利可圖，農民也可能以取巧方式取得種源，違法偷種再進行轉賣。2003年8月，台灣衛生署抽測市面上的木瓜，1/7檢驗出是基因改造，而基改木瓜在台灣仍屬實驗室階段，並未核可任何的商業種植，遑論販賣給消費者。據推測是試驗木瓜園附近的農民為了對抗嚴重的木瓜輪點病毒，甘冒風險私自偷竊苗種。
科學上的不確定性
基因改造的農產品吃下肚到底會有什麼問題？科學家無法給一個明確的答案，因為基改食品的發展不到十年，無法提供任何長期食用的研究數據，僅能說短期對健康可能無害。有些環保人士會提出DDT殺蟲劑的案例比擬，當年DDT受到政府大力推薦，農民廣泛使用，一直到40年後科學家才逐漸確認它的毒性不但會累積在生物體中，也嚴重傷害生態環境。
基改作物對生態環境的傷害，會不會像DDT這麼嚴重？科學家一概以「科學上的不確定性」來回答，是最中肯的說法。確實在這段時間內，許多研究者努力去證明基因改造生物對環境有害，但是往往由於實驗方式粗糙，或是推估性質過大，而不被採信。
通常環保人士與科學家在謹慎的評估下，認為基因污染對生態可能造成的衝擊包括：基改作物可能殃及諸如蝴蝶與鳥類等非目標生物、出現抗蟲與抗藥性極高的超級雜草(Superweed)、產生雜交混種，最後降低生物多樣性。
生態危害尚待科學家證實
我們知道害蟲往往很快就適應殺蟲劑，果不其然，他們也在三年內就能適應抗蟲性的基因作物。不過科學家真正擔心的是與耐除草劑基因作物雜交的雜草，經過數代演變可能成為讓農民與除草劑公司都頭大的超級雜草。但當真正的超級雜草案例發生時，卻讓研究者哭笑不得。加拿大一處基改油菜田收成之後改種其他作物，上一期農作遺留在土壤中的油菜籽卻兀自發芽，而且殺蟲劑殺不死，成為超級油菜。但是期待中的超級雜草卻尚不可見。
基因污染降低生物多樣性最重要的例子，是墨西哥的基改玉米污染事件。2001年自然科學雜誌(Nature)發表研究報告，表示墨西哥的原生種玉米遭到基因污染，原因乃美國基改玉米輸入，而農民在不知情的狀況下種植，產生混雜。墨西哥是現代玉米的種源地，玉米也是當地的傳統作物，當地原住民村落仍會同時種植多種玉米，以保護種源的多樣性。因此當知道原生玉米遭到基因污染時，在墨西哥造成極大的騷動，科學家更擔心玉米的遺傳多樣性就此喪失。
還有一個著名的實驗，有科學家以食用基改玉米餵食帝王蝶，發現牠的腸道受到影響而發育不良，儘管許多人引用這項實驗，但實驗本身卻因為瑕疵而降低了可信度。
其他科學家則考慮到生態平衡問題。從實驗室釋放到田野的基改生物，往往是優勢物種，有就是更耐蟲害、或是發育更快的物種。當該物種進到自然界中，或多或少都會侵擾原有的生態體系。許多人把基改生物比做現今在世界各地肆虐的外來種生物，預告牠們的危害。美國在2000年左右便研發出成長速度快7倍的基改鮭魚，但卻由於種種的疑慮現今仍未核准商業養殖。最主要的質疑便是基改鮭魚一旦逃脫至野外，將奪取一般鮭魚的食物與生存空間。
基因污染是否危及生物多樣性？基改鮭魚釋放到野外，會不會因為適應不良而自己滅絕了呢？基改玉米的基因，會不會在經過幾代的雜交後，就消失不見了呢？目前只能以一句老話說明，這個領域充滿太多「科學上的不確定性」，在沒有提出更確切的數據之前，無法確認基因污染危害生物多樣性的程度，甚至無法證明是否已經造成危害。然而DDT的案例殷鑒不遠，會不會當確認基因污染的有害時，生態的損害已經不可收拾了？除了基改生技廠商，沒有人敢保證。(2005-11-07)
【相關連結】
◆台大GMO面面觀網站
◆加拿大AGBIOS農產生技資訊網
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