新政府上台，海洋保育即出現一大危機。2008年5月底，農委會漁業署公告將重新開放珊瑚漁船96艘，可在5個海域、共7811平方公里的面積作業。原本擁有珊瑚捕撈執照的漁船僅剩3張，且不再發照，但農委會卻在新政府剛上任，即公告實施「兼營珊瑚漁業漁船應行遵守及注意事項」，以兼顧漁民生計與資源保育目的為名，重新開放珊瑚漁業執照申請。學者批評，大開保育倒車。
根據聯合國世界糧農組織（FAO）的統計，台灣寶石珊瑚平均年產量高居世界前五名，農委會漁業署漁政組組長黃明和在珊瑚漁業公聽會上表示，台灣為寶石珊瑚的主要加工出口國，但漁業署的漁業年報卻無任何統計資料，「為有效管理珊瑚漁業，因此重新開放漁船申請執照。」
面對學者與媒體批評保育開倒車，農委會表示，深海珊瑚生長環境為水深超過100公尺之海域，屬於寶石珊瑚類，以紅珊瑚為主，與淺海珊瑚不同，對漁業棲地影響不大。此外，政府明定的珊瑚可捕撈區域在距岸12浬外；而且，採捕漁船須裝設漁船監控系統、填寫漁撈日誌，所捕撈之珊瑚須經指定之漁會以公開方式交易，單船年出口量以120公斤為限，且核准作業漁船數由最高96艘逐年遞減，兼營許可以1年為限，違規者即取消其兼營許可。
中山大學海洋政策研究中心主任胡念祖批評，農委會不但開放96艘漁船，雖說會加強管理、逐年遞減，但新的規定卻未訂出遞減速率，也未對漁具、漁法有任何規範，更沒有對珊瑚株徑大小、高度等規格及總採捕量限制，對於台灣周邊海域珊瑚，可謂生態浩劫。
黑潮海洋文教基金會執行長張泰迪則認為，漁業署的「積極管理」根本是空談，開放前無法管理好珊瑚漁業，導致非法漁船的數字是合法漁船的30倍，叫人如何能信任全面開放後政府真的能對珊瑚採捕作有效的控制？
另一方面，農委會認定深海珊瑚的採捕不影響漁業棲地，但保育團體及專家學者指出，黑珊瑚已列入華盛頓公約（CITES）二級保育物種，紅珊瑚也可能於2010年列入，未來寶石珊瑚貿易將受到更嚴格的規範，珊瑚採捕必須符合「無傷害採集」的標準，才能在國際上進行交易。
但是台灣的珊瑚採集是否合乎「無傷害採集」？中央研究院生物多樣性研究中心副研究員陳昭倫指出，台灣珊瑚捕撈採用的是「糾纏網」（俗稱珊瑚網），在美國是被禁用的「非選擇性漁法」（又稱不永續漁法），因糾纏網會干擾其他海洋生態系，並破壞深海珊瑚礁。不過，台灣的漁民表示，多年累積的經驗，加上GPS定位，定點捕撈並不會對破壞海洋生態。
宜蘭縣寶石珊瑚漁業促進會理事長伍文章，在珊瑚漁業公聽會上呼籲環保團體體諒漁民的辛苦，他說專家口中的「非法珊瑚船」，每艘都代表著好幾戶家庭的生計，整個珊瑚漁業從捕撈、加工、到貿易，全體上下游從業人員的人數也不少，千萬不要一句「為了環境」就抹殺了這些人賴以維生的珊瑚漁業。
珊瑚漁業的重新開放，牽扯出珊瑚漁業、寶石產業、海洋保育、國際貿易諸多問題，農委會在飽受批評後指稱此政策是前任政府所決定，新政府僅是完成公告程序，而農委會主委陳武雄則表示任內絕不會再核發執照。
回顧台灣珊瑚漁業的發展，在1983年以後，政府就沒有核發珊瑚漁業的執照，而根據漁業署的資料，2008年全台灣僅剩下3艘合法的珊瑚漁船，如果漁業署不續發執照的話，在2008年底前，合法的珊瑚漁業將走入歷史。2008年5月農委會重新開啟珊瑚漁業，重新核發的96張執照，可說是今年十年一度的「國際珊瑚礁年」最諷刺的作為。
