在太平洋島國帛硫於2003年6月13日批准、成為簽署生物安全議定書的第50個國家後，生物安全議定書生物在2003年的9月11日正式生效。生物安全議定書也稱作「卡塔赫納議定書」（Cartagena Protocol），目的在保障地球的生物多樣性，這是第一個為了避免基因改造有機體（GMO）對生物多樣性造成潛在威脅的國際公約。
生物安全議定書主要處理經由國際貿易輸入環境的基因改造有機體，如基改種子、樹木、魚類、動物飼料、作物等，都是該議定書規範的範圍。
由於基改生物體背後政治、貿易與國際關係上的複雜度，世界相關國家已形成數個不同的結盟，但美國、歐盟與日本仍佔有最大的影響力。身為基改作物最大的製造與出口國，美國始終不願意簽署該協議。而以「預警原則」作為議定書的基礎理論，則是歐盟在防堵基改作物貿易上的最大勝利。
在國際生物安全議題上積極運作的國際性環保團體「地球之友」（Friends of the Earth）對議定書的生效表示歡欣。其國際部主任薩華德說：「毫無管制基改生物體的時代已經結束了。」但他也警告，各國應該加強推行較嚴格的國內政策，因為在法律效力上，生物安全議定書並無法取代各國自行訂定的相關法規。
在此同時，美國國際發展署長塔西歐斯仍發表聲明，指出「非州國家擁有了解生物科技好處的最大潛力」，並要求美國增加在基改生物體上的研究投資，以解決非州飢荒。
曾經拒絕美國基改糧食援助的非州國家尚比亞，目前已發展出一套「國家生物安全與生物科技策略計畫」（National Biosafety and Biotechnology Strategy Plan)。這項為期五年（2003-2007）的計劃，將杜絕基因改造有機體在沒有保障的情況下，在該國快速衍生，並同時保障該國珍貴的生物多樣性資源。烏干達、肯亞、奈及利亞與南非，則對此類作物抱持較肯定的態度。
