國家永續發展會議8個場次的議題討論結束後，隨即進入最重要的綜合討論，並由行政院院長蘇貞昌進行閉幕致詞。蘇貞昌除了澄清「經濟永續成長會議」並非為了取代這次會議而舉行，也再次強調看顧未來，同舟一命的精神。
綜合討論由環保署長張國龍主持。由於蘇貞昌即將出席閉幕式，且會議結論事關重大，議場頓時被公部門與產業界代表擠的水洩不通。是否定出非核時間表，是第一個爭議點。也由於爭議過大，而且已經是全國非核家園大會的結論，因此仍維持「逐步」停止核能發電的字句。
關於國土復育，由於先前會議留下太多方案，因此會議主持人張國龍裁定交由永續會繼續討論。對於如何恢復河川生態，則出現自然放任與適度人為介入兩派學者的論辯，結果是兩案並存。
接下來的「高能源密集度」產業、「用水量超過每日5萬公噸之開發案應自籌水源」、「溫室氣體減量策略」議題，引起鋼鐵、石化產業界代表與經建部門強力發言反對，環保人士也不甘示弱猛力抨擊。除了對方案內容與用字的爭辯，更大的衝突來自於議事程序。根據大會規定，綜合討論只能就先前已擬定的方案進行文字修飾，不能再新增方案。環保人士除了批評政府部門與產業界沆瀣一氣，對於產業界代表未參與先前討論，卻在此時另提方案的舉動，一再就程序問題提出抗議。立法委員王塗發給予環保團體奧援，他直指有太多的提案是今天才提出的，根本違反了永續會議由下而上的精神。
高能源密集度產業在整體產業中的應有比例，沒有共識。對於每日用水量應以多少萬公噸為基準，雖留下3案併陳，不過對規劃開徵水權費則在爭議中形成共識。對於溫室氣體減量，爭議最大。其中減量目標及時程，就有5個方案。環保團體尤其在意方案三中，2005年全國能源會議究竟有無達成共識；若沒有，則根本應將此一方案刪去。在爭議無結果的情況下，會議主持人張國龍詢問在場的經濟部次長陳瑞隆之意見後，將文字精簡成「要求積極落實2005年全國能源會議各部會減量承諾」，然後將這5個方案留給永續會討論。
政務官強制上課 學習永續課程
綜合討論結束後，在場的永續會委員上台感謝所有人的參與，並將「邁向永續台灣宣言」交給蘇貞昌。蘇貞昌致閉幕詞時打趣地說，要政務官每年上10小時的永續課程，好像是酒駕後強制上課，但他欣然接受，並請張國龍儘速安排。對於外界質疑行政院接下來將召開的「台灣經濟永續成長會議」，是否會取代這次「國家永續發展會議」，蘇貞昌表示，經續會的課題是檢討已經執行的經建計畫，如金融改革、兩岸貿易，雖也有能源、環保相關議題，但他呼應陳水扁總統「環境保護優先」的開幕演說，強調看顧台灣未來，同舟一命的精神。
為期2天的國家永續發展會議正式會議，一共達成248項共識，另有72項無共識提案。 在會後記者會中，永續會執行長林錫耀表示，會議達成共識的部分，將協調各部會進一步納入行動計畫。而針對未達共識的項目，也會盡量在經續會之前，以各種不同的形式，如公聽會、電視辯論會等多種方式進一步做溝通。他也轉述蘇貞昌的意見，對於中研院院長李遠哲讓綠島成為「國際生態旅遊島」的構想表示支持，將責成相關部門確實做好。張國龍則感慨的說，「永續」一詞在台灣已經被誤用、濫用了。這次「國家永續發展會議」的永續是sustainable而，「經濟永續成長會議」的永續卻是perpetual。前者指的是可持續，而後者卻是意指無止盡的成長。每個國家的成長，都受到許多限制，不可能無限制的成長。如果要無止盡的成長，除非集中發展一、兩項，但這必定招來苦果。 對於爭議最激烈的溫室氣體減量，他強調環保署的立場是凸顯問題的嚴重性，催促經濟部、交通部儘速行動。
首次的國家永續發展會議，在4月22日地球日這天劃下句點。期待未來國家永續發展會議能夠每2年召開一次，相關區域論壇每年召開一次，讓台灣能走在真正「永續」發展的道路上。
【檔案下載】
※大會各項議題總結(環保署提供)
※國家永續發展會議宣言及行動方案(環保署提供)
