基因改造科技是近30年來最為醒目的農業創新技術，所創造出的基改作物，在目前已擁有全球耕地1/10的種植面積。然而基改卻也是爭論最多的科技。2012年9月初法國學者Gilles-Éric Séralini發表一篇論文，為期兩年的基因改造玉米餵食老鼠試驗中，他與同仁發現基改玉米NK603（我國核准進口已約9年）與除草劑年年春都會讓老鼠提早長出更多的腫瘤。這篇論文一發表立刻引起軒然大波；支持基改科技的研究者與企業發動圍剿，說他「有偏見、很差勁、陰謀、偽造、詐欺、沒水準、廣告式科學、左派的懷疑論….」的偏激批評滿天飛，非得把這位發表過百餘篇專業論文的國際知名學者鬥垮不可。學術性研究會引起這樣大的攻擊，真正的原因實際上是龐大的商業利益。
一、基改作物現況
基因改造作物的研發是用遺傳工程的操作，在試管中把非常微小的一段遺傳密碼殖入農作物的細胞核，然後再用組織培養的方式，讓細胞分化長成一株農作物。這個方式與傳統植物育種最大的不同在於：傳統植物育種只能夠在相同的作物，例如水稻與水稻，或者黃豆與黃豆間進行遺傳的重新排列組合；但是基改技術卻可以把動物、細菌的基因轉入農作物，讓農作物表現出動物或細菌的某種成分。不過，由於基改科技有環境與健康風險之虞，因此在各國都需要經過政府的審核通過，基改作物才能供作飼用、食用或者種植；傳統育種所推出的品種則不用。
目前全球基改作物種植面積為1.6億公頃，主要的種植國家是美國，超過四成；其餘是加拿大、巴西、阿根廷等。美洲國家佔了八成多的基改栽培面積。在亞洲、澳洲與菲律賓分別種了一些基改油菜與基改玉米，印度與中國種了不少的基改棉，亞洲合計約佔全球基改作物的11%。歐非地區只佔了2%。主要基改作物是黃豆、玉米、棉花與油菜等四大作物。這些基改作物中超過八成可以忍受除草劑，四成的作物全身上上下下每個細胞一天24小時都含有殺蟲的毒素。
日本核准許多基改作物的種植，但迄今尚未有商業生產。歐洲法、德等國甚至違反歐盟的規定，由政府明令國人不得生產基改作物。我國到現在為止也還未開放基改作物的生產，不過早在十年前就核准基改黃豆與玉米的進口；估計進口的黃豆約九成，玉米超過六成都是基改產品。也就是說，我國兩成多的素食者，主要的蛋白質來源都是飼料級的基改黃豆。同樣大量進口基改黃豆的日本，雖然生產成本也高於進口者，還是能種植不少的食用級非基改黃豆，供人民食用。
雖然各國政府都經過審核，認為沒有健康上的顧慮，才會核准基改食品上市。但是一般消費者仍然覺得政府的把關不太可靠，拒絕接受的消費者仍大有人在。因此許多國家都規定基改食品需要標示。歐盟規定食品若含有基改成份高於0.9%，不論是包裝或散裝都需標示該產品含基因改造成分。韓國、日本的底限分別是3%與5%。我國是5%，不過散裝產品，例如早餐小吃店的桶裝豆漿與傳統市場的豆腐板，都不用標示。
二、基改企業的黑手
美國孟山都過去是有名的化工公司，其產品包括惡名昭彰的多氯聯苯、戴奧辛以及越戰中使用的落葉毒藥「橙劑」，造成越南許多地區的戴奧辛汙染及畸形兒。在1996年以後，孟山都大肆併購國內外大大小小的種子公司，成為全球最大的種子公司與基改種子製造者。然而孟山都被批評是用欺瞞、遊說、造假、賄絡、控制、迫害等不公不義的行為，才能成就其基改王國。
為了拓展廣大的市場，孟山都推出許多騙人宣傳，例如「基改作物可以降低農藥使用」；實際上除草劑的用量在阿根廷增加兩倍，在美國除了基改玉米換用除草劑無法比較外，黃豆與棉花的用量分別增加兩成與四成。其次，印度棉花產量在2002年以後大幅增加，因此公司用來大肆宣傳「基改作物可以提高產量」；實際上在2005年增產達一半時，印度基改棉的種植面積卻僅有5%，顯然基改無關增產。孟山都又利用氣候變遷糧食危機出現的時刻，大張旗鼓地說唯有基改才能解決全球飢餓問題，反基改就是不顧飢荒。然而飢餓問題不在於糧食產量不足，而是分配不均；飢荒國家因缺錢無法購買進口糧食或者改進農場地力，怎麼有錢購買價格貴出2-5倍的基改種子呢？印度農民採用基改棉，就因為每年需要貸款買種子，還不起貸款而自殺的農民因此增加數萬人之多。
不過由於孟山都的強力遊說因此美國政府訂出了有利於基改公司的審核程序與準則；也透過美國駐外使館向各國施壓，因此部分重要審核程序還被各國政府採納。在國外遊說不成，還因賄賂外國官員而被法院判有罪。
但是迄今為止，絕大多數的基改產品都能通過審核，是因為風險試驗都是基改公司自行或者出資進行的，基改產品不安全的試驗數據怎可能提交給審查單位呢？在美國許多大學都是拿基改公司的研究經費，學術自主受到控制，因此只能發表基改產品安全的報告。間或有獨立學者發表基改產品不安全的試驗結果，就可能被威脅乃至於迫害，因此才會有一部「科學家們被攻擊」（Scientists Under Attack）的紀錄片問世。若不加以阻止，將來孟山都等跨國大企業還可能掌控全球，才會有導演要製作「孟山都手（眼）中的世界」（The World According to Monsanto）這部影片。
學者遭迫害的情況至今仍有，Séralini發表基改致癌論文而遭圍剿的案例還在進行當中。實際上他在2010年發表另一篇不利基改的論文，也上馬上引起親企業的學者群起攻訐，甚至於某學術團體的理事長加以污衊，嚴重威脅到他的工作及研究經費來源，只好採取法律行動；法院判對方誹謗罪成立，名譽才得恢復。蘇格蘭的著名學者Arpad Pusztai就沒有這麼幸運。他在1998年上電視台介紹基改馬鈴薯引起老鼠病變的試驗，馬上受到威脅，連英國皇家科學院的院士都紛紛予以指責。雖然後來論文得以發表，證實院士們亂說，而他的研究可靠。然而他夫妻倆早已被解職，後來也沒能回去繼續進行研究工作。
三、基改作物的污染風波
除了越來越多的健康風險報告外，基因改造作物種植了十多年，也發生了不少糾紛，最嚴重的是基改污染。農作物很容易透過花粉與種子進行傳播，一旦允許種植基改品種，難保不會混雜到一般非基改品種。墨西哥是玉米的原鄉，農民仍然繼續種植各式各樣的地方品種。雖然在2000年該國政府並未允許基改玉米的種植，不過仍然進口美國基改玉米作為飼料，可能因農民不知曉的情況下種植這些飼料用玉米，而導致原生種玉米遭受基改污染，因而帶有外來的基因。
美國就曾發生多起事件，包括飼料用基改玉米Starlink混到食用玉米，污染面積大到基改公司要賠償農民約5億美元的損失。未經核准的基改玉米Bt10在2004年誤賣給農民種植，導致產品外銷到歐日等國被退回，廠商遭罰1500萬美元。在2006年又爆發未經核准基改稻米LLRICE 601污染到出口的稻米，引起歐日與南美諸國的禁止進口；拜耳作物科學公司需償付稻農總計7億5千萬美元的損失。
中國早已研發出基改稻米，但該政府仍遲遲不敢核准商業生產。然而自2004年研發者就已偷偷賣基改稻Bt63的種子給農民違法種植。事件爆發後引起歐洲的禁運，以及爾後的隨批檢驗。抗除草劑基改亞麻品種在加拿大雖然不得種植，但是終究還是污染到一般品種，也導致歐洲的禁止加拿大亞麻仁籽產品的進口。泰國政府未核准基改木瓜種植之前，種苗就被研發者賣給農民，事件爆發後泰國木瓜產品受到歐洲的抵制，損失慘重。
我國基改木瓜至今也尚未核准上市，但民間早在2003年就偷種，幸好當時農委會立刻採取有效管制，維持我國木瓜的信譽。不過一旦流落民間，政府仍需經常監控，否則終究還是會造成不可收拾的大面積污染；中國目前市售木瓜據查已約有九成都是基改者，就是明証。
除了一般品種被污染外，基改作物的種植也產生很多環境的後遺症。由於種基改作物，年年春除草劑過度使用，美國許多農業州已經出現年年春噴不死的超級雜草，讓基改品種逐漸無法再種，因此現在基改企業準備推出能夠忍受2,4-D除草劑的第二代基改作物。2,4-D是越戰所用橙劑的成分，將來真的種下去，後果不堪設想。同樣在美國也已發現基改作物導致超級害蟲，甚至於前所未見的病菌出現。中國種了抗蟲棉花，雖然頭號害蟲被控制下來，過了幾年，基改棉花殺不死的第二號、第三號害蟲就成為棉花的主要害蟲，棉農還是要噴農藥；更慘的是次要害蟲可是其他作物的主要害蟲，這些害蟲擴散到棉花田以外，威脅到其他作物，整個華北反而使用更多的殺蟲劑，造成更大的環境污染。
四、基改，專利與農民
基改作物種植到今天，好處是大企業拿去，壞處則讓農民與消費者承擔。阿根廷、巴西、巴拉圭等南美國家許多森林與農地被大財團橫行買斷，大面積種植基改黃豆，阿根廷年年春除草劑用量在數年之間增加暴增達10倍。企業大賺外匯的錢，可憐的小農、原住民被迫流離失所，到都市撿垃圾吃。大農場邊緣的農民生下很多的畸型兒，而試驗已證明年年春與胚胎的畸型有關。
印度農民因為孟山都的大肆宣傳，誤認為基改棉花可以提高產量，增加收入，因此放棄過去種一般品種乃是留種自用的習慣，每年向銀行或地下錢莊貸款購買需要權利金的基改棉花種子。但是基改棉花也是會受到氣候的影響；當遇到旱災或雨患時，基改棉同樣也歉收；卻因為無力償還債款，被迫交出土地償貸，因而導致數以萬計的農民走上自殺之途。已有好幾部紀錄片揭發此人間慘劇。
美國的農民也沒有好到哪裡去。基改作物種了15年，美國的玉米與大豆產量並未見增加，反而是農民要支出兩倍以上的種子費用。基改種子受到專利保護，因此美國農民因留種自用而被基改公司告的案例層出不窮，在2007年之前就有57個農民被判侵權；57案件中，農民被判罰鍰累積金額高達2100萬美元，平均每案件39萬美元，最高達300萬美元。未上法庭，而在庭外和解的部分，到2006年6月為止，農民已付出和解金全部在8千萬到1億6千萬美元之間。南美洲農民也經常被告侵權。基改作物污染了加拿大農民傳統油菜品種，該農民反而被孟山都告侵權成立。
跨國基改公司挾其雄厚財力與實力，到處併購小種子公司。目前世界三大基改公司已掌控一半以上的國際種子貿易額。十大跨國種子公司已經掌握了七成，「掌握種子就可掌控世界」的口號令人擔憂。美國農民要回頭買非基改的種子，卻發現已經找不到在賣非基改品種的小公司。這些大公司已經布下專利的天羅地網，等君入甕。因此種子專利可說是農民的公敵。
五、基改的健康風險
基改科技有如核子科技，迄今人類還無法完全掌握，常是悲劇發生後才會警覺。美國在1989年就因為使用基改菌生產氨基酸，而導致服用後死了37人，1500人長期癱瘓。杜邦公司旗下的種子部門研發基改黃豆，來增強其營養品質，卻沒想到吃了這黃豆居然會過敏，幸好及早發現而未上市。因此各國政府都是須要通過安全審核後，才能讓基改產品上市。不過政府的把關相對寬鬆，允許基改公司自已進行老鼠餵養試驗，把試驗報提交給政府審查。這些試驗報告有許多缺點，試驗設計可能避重就輕、試驗的材料只取基改種子的單一蛋白質來做餵養材料，而非整粒種子、試驗期間只有短短的三個月以內等都是明顯的問題，更不用說數據可能被公司竄改或造假。
近年來由於與基改公司無相關的獨立研究越來越多，因此的論文都指出基改食品對於老鼠甚至於牲畜產生不利的健康影響，肝臟、腎臟與生殖系統都會因而受損。雖然基改公司以及其相關學者都說「到現在還沒有人吃了基改食物而生病或者死掉的」，然而近十年來生病的人越來越多，但是因為人類每天吃了各式各樣的食物，因此雖然無法證實是因為吃了基改食品，但同要也無法排除是吃了基改食品所導致的。況且在美國過敏症的患者越來越多，已被研究指出可能與基改食品有關。
對於我國而言，問題最大的是基改黃豆。我國素食人口超過200萬人，主要的蛋白質來源就是黃豆。但是我國目前黃豆的自給率只有0.005 % （2萬分之1），因此國人吃的黃豆製品都是來自美國巴西的黃豆，其中有9成都是飼料級的基改黃豆。這些基改黃豆施用過量年年春除草劑，因此我國政府把進口黃豆的年年春殘留容許量提高到10 ppm，但我們國產的毛豆卻嚴格地定為0.2 ppm，稻米更低到0.1 ppm。在美國黃豆的容許量也很高，不過那是飼料級的黃豆，美國人吃的可是不含過敏蛋白與年年春的食品級黃豆。給人吃的爆玉米、落花生與稻米，美國政府所規定的年年春容許量也都是0.1 ppm。很明顯的，我國進口飼料級黃豆是在照顧美國外銷農產品，卻犧牲了國人的健康。我國也進口大量的玉米，其中基改玉米約占6成；這些產品透過玉米粉，也滲透到國人的飲食當中，由玉米粉製造，卻號稱國產米粉的產品充斥賣場，卻沒有標示基改成分，把國人蒙在鼓裡。
同樣吃很多黃豆的亞洲國家雖然也進口基改黃豆，都是作為飼料或炸油用，也都禁止種基改黃豆，但各國自己種非基改黃豆供國人食用。日本的黃豆自給率就有6 %，韓國的是9 %，中國更高達20 %，連馬來西亞人都沒在吃飼料級黃豆。這對我國人民而言，真是「情何以堪」。我國在1960年代種植黃豆的面積曾高達6萬公頃，若能全面恢復，就可以把我國黃豆自給率提升到5 %。
六、我們的要求：反對基改與專利
鑑於國人的身體健康，以及農業的前景，我們要求政府進行消極的與積極的做法。
消極的做法是落實基改標示政策。我國從2000年開始，用行政命令的方式要求食品製造商在包裝產品加以標示基改成份，只要該產品的基改成份達5%以上。但是除了玉米與黃豆外，其餘的基改產品，如可能還有在偷種的木瓜等，都沒有規定。此行政命令不具罰則，也未見積極的抽查取締，因此許多含有黃豆粉、玉米粉的產品都沒看到標示。
我們要求立法院與衛生署儘速修訂現行的《食品衛生管理法》，將基改產品納入法律當中，要求標示規定及於包裝與散裝產品，並且立下透明化的查核程序。進口的基改產品必須納入可追溯制度，作為萬一出現問題時的全國下架機制。
積極方面我們要求農委會提出具有時程的有機黃豆的種植計畫，以期提供國人健康的黃豆產品，並且作為提升糧食自給率的重要手段。
我們之所以要求生產有機黃豆，乃是基於有機農業推行速度太慢，推行20年才達到0.7 %的種植面積，無法應付將來糧荒的理由。現行的慣行農法使用化肥農藥，嚴重破壞農地生態系，把眾多好菌益蟲等「農人免費的長工」都殺死，卻留下壞菌害蟲，因此形成了沒有用化肥農藥就無法生產糧食的「加護病房式農業」。等到將來時石油價格貴到農民買不起農藥化肥都的時候，不但進口糧食買不到，連自己生產都成問題，實在無法想像屆時國家會有怎樣的動盪。因此農委會應該以有機國家為目標，進行預算轉型的基礎工作，由編列在慣行農業的預算逐漸轉編列到有機農業，讓農人有誘因來做有機轉型，以期恢復農業生產基地的健康，改掉仰賴化肥農藥的惡習陳疴，讓農人種得健康，納稅人也吃得健康。
我們也要求政府不可以修法將動植物納入專利保護。兩年前智慧財產局做過這樣的打算，最後雖因為民間的強力反對而作罷，但是我們認為政府即將展開「台美貿易暨投資架構協定」（TIFA）、「跨太平洋戰略經濟夥伴協定」（TPP）等貿易談判，有可能再度被迫重提專利修法。我們願意在此課題上作為政府的後盾，堅決反對到底。
