2014年綠島珊瑚礁體檢於5月31日～6月1日舉行，由15名潛水志工為當地珊瑚礁健康狀況進行調查。結果顯示，多數穿越線活珊瑚礁覆蓋率屬「優良」程度，視潛點不同而記錄到不同數量的指標性魚類及無脊椎動物，並且明顯感受到保護區內種類及數量高於保護區外。
艷陽高照、風平浪靜的好天氣，此次珊瑚礁體檢選擇在將軍岩、柴口及石朗進行調查。結果顯示，三處的活珊瑚覆蓋率除了柴口10米穿越線，其餘皆超過50%，依國際珊瑚礁體檢基金會標準，屬於「優良」等級，而柴口10米穿越線雖未達「優良」標準，活珊瑚覆蓋率也有46.9%，而黑皮海綿僅有零星分布。
調查點中的柴口和石朗劃設為當地熱門浮潛和潛水景點，志工調查時遇上許多潛水及浮潛遊客在此進行遊憩，然而仍可記錄到蝶魚、石鱸、笛鯛、鸚哥魚和裸胸鯙，其中石朗10米的蝶魚族群密度高達每100平方公尺14.25隻，柴口10米處次之，每100平方公尺為5.25隻。推測因為位處熱門浮潛地點，當地業者為吸引魚群靠近，常有餵食舉動所致，而兩處皆屬漁業資源保護區且全年禁捕，讓這兩處成為魚兒避難所。
無脊椎動物部份，每條穿越線上皆記錄到魔鬼海膽，將軍岩10米族群密度最高，每100平方公尺有12隻。魔鬼海膽為珊瑚礁生態系裡控制藻類數量的要角，然而如果數量過多，也可能暗示此地缺乏魔鬼海膽的掠食者。除魔鬼海膽外，多處穿越線上記錄到硨磲貝和清潔蝦，特別是石朗5米處發現個體大小達50公分的硨磲貝及一隻章魚，而柴口5米處，志工也眼尖在洞穴中發現嬌客大法螺。
此次綠島珊瑚礁體檢適逢端午連假，不僅陸上人滿為患，在海邊也是許多浮潛或潛水遊客。目前為止還未見對此地海洋生態造成影響，但頗值得持續關注。
綠島漁業資源保育區於2004年公告設立，全島沿岸自低潮線向外海延伸200公尺之沿岸水域，都在管理範圍內，並再細分為6個分區進行管理。其中石朗與柴口分區為浮潛區，全年不開放採捕，僅能從事觀光、遊憩。其餘分區開放採捕期間禁止採捕體長未滿20公分之龍蝦或殼長未滿5公分之九孔，且不得攜帶水肺採捕各類水產動植物，而「龜灣分區」尚不得採捕「燕魚」。在開放採捕期間外，不能採捕各類水產動植物。
2014年台灣珊瑚礁體檢由台灣環境資訊協會與東部海岸國家風景區管理處共同主辦，內政部營建署城鄉分署協辦，而其他地點的珊瑚礁體檢將陸續於東北角、澎湖東嶼坪、台東和小琉球舉行。
