農地長工廠是台灣農地多年的傷痕，有人將之歸因為1972年的「客廳即工廠」政策，讓工廠毫無計畫到處長。2010年，《工廠管理輔導法》修法，開放2008年3月14日前已經存在的低污染工廠辦理「臨時工廠登記」（簡稱臨登），是謂首波的「止血」。但無奈工廠繼續長，擴增到14000多公頃。
今年，政府將再度修正《工廠管理輔導法》，展開第二波「止血」，這次將時間壓在蔡政府上台，也就是2016年5月20日，520之後的農地工廠不准新增，520之前已經存在農地上的低污染工廠則允許繼續存在。
行政院長蘇貞昌說明修法三原則，一是不准新設農地工廠（指2016年5月20日後）；既有工廠不得污染、不得危及公安。二是優先輔導臨登的7400多家工廠。三是長期群聚、沒有污染與公安危疑的工廠「就地」輔導，安心拚經濟。他表態，「政府也不會再浪費1萬4000多公頃的農地來安置這幾萬家工廠。」
將工廠移往工業去是浪費農地嗎？行政院經濟農業處參議呂貞慧日前在環團的抗議場合補充說明，再新闢工業區去安置農地工廠，反而會再破壞農地。經濟部也說明，這項政策的出發點是保護農地。
不過，這項「保護農地」的政策，卻讓關心農地政策、糧食安全的環團齊聲重批──農工混雜、污染將繼續危及農地。
主婦聯盟： 工廠不遷走 糧食安全失守
主婦聯盟環境保護基金會研究員湯琳翔指出，農地工廠除了讓農地破碎化，更重要的就是農地污染。你怎麼跟小孩解釋，農地上一棟棟的是工廠，又如何解釋我們吃到的東西是安全的、無毒的呢？
他以農地工廠密集區，以及鄰近地區一個個被環保署列為「土壤及地下水污染場址」的農地指出，「這就是農地污染的事實，這就是農工區位混雜的的結果。」
環團主張農工分離，政府應該輔導工廠進去工業區。地球公民基金會專員吳其融再三強調，環團「不反對」政府以財務借貸、策略輔導7000多家已經取得臨時工廠搬遷到工業區，或是閒置的工業土地。但新的修法完全沒有提到輔導，政府擺明吃定台灣的農地跟環境，就是不要工廠搬走。
14000多公頃的農地工廠遷到工業區，代表需要將14000多公頃的農地轉成工業區嗎？湯琳翔認為蘇貞昌的說法並不合理。他表示，各縣市本來就有合理的都市擴張以及工廠用地的需求，原本就可能使用到農地，更遑論還有很多蚊子工業區未被使用。
對農地工廠而言，搬遷到工業區最現實是搬遷成本與風險。環境權保障基金會專職律師郭鴻儀說，確實有些工業區土地太貴，農地工廠沒有資金無法進入。務實地來看，環團不會全然反對密集的農地工廠進行區塊整體規劃，然後收納附近的違章工廠。甚至認為政府應予以輔導或貸款協助遷廠。以這種方式，縱使犧牲一點農地，對農地整體的發展卻是好的。
從另一個角度來看，14000公頃的農地工廠留在農地上，潛在污染的面積卻不止於此。吳其融引用環保署「內梅羅綜合指標」分析全台農地重金屬超標加上農委會資料，估算農地污染範圍高達2~3萬公頃，這些工廠繼續留在農地上，污染危機就難解決。
「低污」加回饋金 讓工廠留在農地？
對於環團擔心的污染，經濟部中部辦公室科長雲瑞龍澄清，高污染一定會遷廠、輔導轉型；低污染要提出工廠改善計畫、繳交回饋金、改善設備後，申請「特定工廠登記」，才會讓他們留在農地上，違反者還是會予以斷水斷電。
不過，政府和環團對於高低污染的認定方式存在很大差距。郭鴻儀說明，所謂的低污，應該是指污染發生後可以儘快恢復的，例如製麵廠或木材加工廠，他們對農地的危害低。而現行的低污染認定方式，不乏化學製程、金屬加工等，農地一旦被污染，要恢復到可耕種的程度就要耗費巨大的成本與時間，受害的依然是農地。
呂貞慧再三保證，中高污染這一類的會全部遷到工業區去，高低污染認定方式也一定會再重新檢討。
這些工廠將在農地上留多久？蔡政府以「特定工廠登記」取代舊的「臨時工廠登記」制度，卻沒有設下落日條款，規定多久以內一定要完成合法化。
雲瑞龍解釋，對廠商而言，每年都要繳交回饋金，這就會增加負擔，進而促成他儘早合法化，合法化等同一次繳清；用這種機制去誘導廠商。但郭鴻儀認為，這等於只要每年（或每兩年）繳納回饋金就能一直留在農地上，除非這些工廠爆發污染、工安問題才會被強制遷走或關廠，「這等於是農地上的一顆未爆彈。」
蘇貞昌的新農地工廠政策也與現行政府部門、地方政府的方向大相逕庭。
例如台中市府就曾宣布，農地工廠應配合輔導或搬遷到工業區，限原土地搬遷六個月內恢復農用；當時這項政策被主管土地的內政部區域計畫委員會大讚「有guts」、「很勇敢」。新北、台中、高雄等縣市也都有新設工業區以容納農地工廠的計畫，高雄的仁武工業區甚至因此獲得環保署環評委員支持。這項新政策能否獲得主管農地、土地與環境的部會支持？值得進一步關注。
