劃設海洋保護區 （MPA）並落實管理，是挽救漁業資源枯竭及海洋生物多樣性喪失，最簡單、最有效及最經濟的方法。
為能積極推動全球MPA之劃設，歷次生物多樣性公約締約方會議（CBD-COP）、地球高峰會（WSSD）、國際海洋保護區大會（IMPAC）及世界公園會議（WPC）等重要國際會議乃紛紛根據專家之建議，研訂不同的劃設目標及策略，到2020年全球海洋應分別有10%的水域被納入MPA之範圍。「MPA在各國所劃設面積的比例」也在2010年被納入《愛知目標》11及2015年《聯合國永續發展目標》的一項目標（SDG14.6）或指標，用來評估海洋保育工作之成效。目前全球均在努力推動，除增設MPA的數目及面積、並擴及公海及大洋、海底山、熱泉、冷泉等各種不同生態系、建立MPA網絡、擴大核心區（完全禁漁區或海洋保留區）在MPA中所佔的比例（圖1）。
迄2017年止，全球海洋保護區的面積比，在各國專屬經濟海域所佔的比例平均已達15.9%。如將公海計入，亦已達6.5%，預計到2020年應能達到10%的目標（圖2） ，2030年預計要提高到30%。
台灣的MPA迄今30多年來，根據不同部會所劃設的各種MPAs，其數目雖已不下百處，截至2017年底止，海洋保護區海域面積合計約30,938.7158平方公里（表1）。但因面積比的計算方式與眾不同，因此無法與國際接軌及評比。此外不少MPA的範圍相互重疊、沒有連成網絡、缺乏調查監測、缺乏有效管理計畫、民眾守法及保育觀念不足、缺乏劃設MPA之誘因及執法之人力物力、執法之公權力不足等等。如何能徹底檢討改進，是目前更需要去迫切解決的問題。
台灣的海洋保護區的現況
台灣最早的海洋保護區是在1984年由內政部依《國家公園法》所劃設的墾丁國家公園海域（圖3）。1984年及2001年，交通部觀光局依《都市計畫法》，分別劃設了15處國家風景管理特定區（圖4）。
農委會林務局依《野生動物保育法》，劃設了海鳥或海龜的野生動物保護區。漁業署依《漁業法》，劃了26處漁業資源保育區（圖5）。農委會亦依《文化資產保存法》劃設7處紅樹林或海岸自然保留區（圖6）。
除上述地點外，1984及1987年，內政部曾就《台灣沿海地區自然環境保護計畫》，劃設了12處（或細分為23處）的沿海自然保護區。直到2007年及2009年內政部分別成立了東沙海洋國家公園（圖7）及台江國家公園，MPA面積才大幅增加，且已涵蓋到珊瑚環礁及沙洲之潟湖生態系。2007年，營建署更結合水利署及林務局，針對沿海溼地或潮間帶、河口區評選出36處「國家重要溼地」。
《濕地保育法》已在2013年通過了立法院的審議。2014年在保育團體的督促下，4-5月間林務局依野動法分別通過了「觀新藻礁生態系野生動物重要棲地環境」 （圖8）；同年6月8日營建署正式成立「南方四島海洋國家公園」，10月正式掛牌。「中華白海豚重要棲息環境」的劃設雖在2015年由林務局預告，但因漁民反對，迄今並未正式公告。此外，各縣市政府亦依其權責劃有不同的保護區或保育區，如大肚溪口高美野生動物保護區、台東富岡禁漁區（圖9）、金門水頭鱟保育區、綠島之柴口、石朗及大白沙的珊瑚礁保護區、太平島的綠蠵龜保護區等等，但因資料尚未彙整，故亦未納入台灣MPA面積比之計算。
「海洋保護區」定義和面積比在計算上的爭議
台灣在2001年在行政院《生物多樣性推動方案》中亦曾要求台灣海域5%之面積應納入MPA；2010年在新頒佈的《永續政策綱領》中配合國際發展趨勢改為到2020年時應將20%的面積納入MPA。但因2010年的CBD-COP10已改回10%，所以台灣又改為10%。
當計算MPA之面積比時，首先需要去考慮到分子和分母的問題。國際上均以200浬EEZ作為分母，台灣之所以用含內水的領海12浬來計算，主要是因為南沙島、釣魚台及黃岩島仍有主權爭議，無法公告EEZ的範圍。如果將「國家公園法」、「漁業法」、「野生動物保護法」、「文化資產保存法」及「台灣沿海地區自然環境保護計畫」等法令所劃設的「國家公園」、「漁業資源保育區」、「野生動物重要棲息地」、「自然保留區」及「自然保護區」等等不同名稱保護區的海域面積均計入，則台灣的MPA為7.17%。其中由於東沙環礁之面積甚大，故國家公園之總海域面積即佔其中的6.19%。然而由於MPA之定義並不嚴謹，漁業署認為只要有任何一項限漁措施，包括魚種、漁期、漁法、體長大小或總漁獲量的限制均納入MPA，因此乃將縣市政府所劃設的12浬珊瑚禁漁區、全台沿岸3浬之拖網禁漁區、或一些刺網禁漁區等等均予納入，以致MPA之比例頓時增加到47.54 % （圖10），遠超過10%的全球目標。但因計算方式與國際不同，所以也無法跟國際接軌及評比。
海洋保護區劃設後 更需要有效地管理
負責MPA之主辦單位漁業署在2010年4月曾召集各相關部會研商「海洋保護區」之定義。決定仿效IUCN的定義：「MPA是指在海岸或海洋中所有的動、植物及其歷史與文化，藉由法律或有效的管理來加以保護的地區」。換言之，應是需要有「法律」或者是「有效管理」。所謂的「法律」當然是民眾要守法，如人人都守法就不需要靠管理去取締非法，但如果人民不守法，就非靠「有效管理」不可。總之，台灣MPA的面積比不論是否達標，如果不能有效管理，MPA也只是紙上公園而已。
此外，MPA也迫切需要有專責的機構來負責整合及推動。為了方便管理及滿足不同的需求，國際上對MPA也有作分區設計，從「禁止進入」（no entry） 、「禁止採捕」（no-take）、「緩衝區」（buffer zone） ，到最寬鬆的「永續利用區」（sustainable use zone）或「多功能使用區」（multi-used zone） 均屬之。但多少在MPA內都需要有一定比例的「完全禁漁區（exclusively no-take）」。但全球海洋保護區的面積比雖已增加到6.35%，但其中只有1.89%是完全禁漁區（圖11）。
反觀在台灣，連最近才劃設的「桃園觀新藻礁野生動物重要棲息環境」的「核心區」都還允許傳統的漁法作業（圖12）；既使「中華白海豚野生動物重要棲息地」正式公告，也只能限制開發案或棲地破壞，對捕食魚類維生的白海豚卻沒有什麼新的限漁措施；澎湖南方四島中真正完全禁漁的比例不到1% （圖13）。
換言之，在MPA的定義上或在計算面積比例大小去作爭論已無甚意義。未來只希望過去已劃設的MPA真的能夠有效地在管理，同時希望能再多劃設真正完全禁止入漁的海域，如東沙「海洋國家公園」、墾丁國家公園內的「後壁湖海洋資源保護示範區」、台東的「富山禁漁區」等，才能真正發揮MPA的功效。位在墾丁南灣核三廠的入水口因為嚴禁進入，多年來已成為台灣本島沿岸保存最好的魚類伊甸園 （圖14-15）。
各種海洋生態系均需劃設MPA，才能保護所有的物種
各種不同的海洋棲地均需有MPA，才能保護到不同棲地中的所有不同的物種。在國外所劃的MPA也不是只有在珊瑚礁生態系而已，當然珊瑚礁是最適合發展潛水觀光、生態旅遊得海洋生態系。但如果水質清澈的紅樹林、海草床、潟湖、藻礁、蟲礁也俱有發展潛水旅遊的潛力。
佔海洋面積最大的沙泥底質或軟底質海域的沿近海或EEZ，以及佔全球海洋50%以上的公海，雖不適合潛水旅遊，但也都有許多獨特的海洋生物，特別是大洋、深海（含熱泉、冷泉、海底山、深海珊瑚及藍洞等未知生態系） 的棲地，都需要根據「預防原則」，在還沒有慘遭人類毒手之前先劃設MPA加以保護。
反觀台灣的MPA，目前連小琉球、澎湖、北部、東北部、三仙台、蘭嶼及綠島等地，乃至於南沙太平島珊瑚礁海域（圖16），迄今仍都未能劃設成功，令人遺憾。倒是「紅樹林」因受文資法、「海草床」在東沙海洋國家公園範圍內、桃園觀新「藻礁」生態系，以及七股「沙洲潟湖」因拜黑面琵鷺之賜 （圖17），已被列入了MPA的範圍，受到了應有的保護。但最易受到人為破壞的潮間帶地區，因底質的不同也涵蓋了不同的棲地與生物種類，但在過去五、六十年的海岸開發的破壞下，台灣的自然海岸線只剩下45%不到，潮間帶生物正迅速滅絕。
未來希望已被納入國家重要溼地的36處海岸溼地，可藉剛立法通過的《濕地保育法》能妥善保護，所有僅存的自然海岸也都能在2015年立法院已三讀通過的《海岸管理法》的保護下，能夠好好的保存下來。
將海洋保護區連成網絡 才能確保MPA的成功
將海洋保護區連成網絡是另一項重要工作。主要是因為大多物種之卵及幼生為漂浮性，且終其一生中會漂流、擴散及洄游、播遷，所歷經之距離及時間長短不同，也會經歷各種不同的海洋生態系或棲地。當一個MPA內之物種可能因某種自然或人為的災害而急速滅絕時，仍有可能由來自鄰近MPA之族群來獲得補充。
目前已有包括美、加、貝里斯、巴哈馬在內的三十個國家已規劃有MPA網絡，或有35個美、澳、南非、墨西哥、菲律賓、英國在該國的州或省級建設有次國家級（subnational）之MPA網絡。台灣目前雖有各種法令所劃設的七、八十個MPAs，但尚未聯成網絡，故未來還需要朝此方向來努力。
如以珊瑚礁為例，台灣因為海流的影響，台灣南北的海洋生物地理分布的類型是以右上左下的方式，斜分成熱帶和亞熱帶不同的地理區，南北兩地的魚種明顯不同。因此建議應優先劃設北方三島、野柳、澎湖北方小島的北部海洋生物，以及受中國沿岸冷水流影響東北部的龜山島、東部的豐濱及三仙台，以及蘭嶼、綠島以及南沙太平島為MPA，能順著黑潮流向連成網絡 （圖18）。
2016年5月基市府公告位於八斗子的「基隆市望海巷潮境海灣資源保育區及有關限制事宜」，因為當地社區自主管理，能嚴格取締，故已見MPA成效，成為一個很好的典範 。
公海MPA的劃設與管理，台灣亦應責無旁貸
地球上71%的面積是海洋，64%的海洋是公海，故公海佔地球面積的45% （圖23），但全球公海保護區面積卻不到1%。
但其中40%的海域均已過漁，大洋性的洄游魚類因屬跨域洄游，沒有政治或地域性的疆界，因此公海的保育特別急迫，但卻十分棘手。此乃因公海的保護需要靠聯合國通過相關條約或公約，但目前只有1982年的海洋法（UNCLOS）及1992年的《UN Fish Stock Agreement》等極少數幾個法律而已，《海洋法》過去也都以污染防治為主要標的，並非漁業資源的養護，也缺乏監測、管理及環評的整合機制，再加上保育經費不足，只來自少數國家和GEF的贊助，實感抓襟見肘。
故IUCN之GMPP（Global Mariner Polar Programme）過去十年來，一直在努力就目前已有的國際公約及組織架構來保育公海的生物的特性，如抑制破壞性的公海底拖，建立「生態及生物顯著的海區」（EBSA, Ecologically and Biologically Significant Areas）的評選方法，找出最需要被保護的公海（圖24），並努力推動公海保護區的「希望之點」（hope spots），如 Sargasso Sea及Costa Rica Dome等等。
這方面的推動目前也已取得進展，如聯合國已呼籲要控制公海底拖網，CBD的專家研討會已指定了在東北大西洋七處公海的EBSA地點，及南大洋的一處應優先劃為MPA。IUCN也正在研擬一份海洋法的落實協議（implementing agreement），透過國際保育組織來推動。
2019年8月30日，聯合國已結束協商「全球海洋公約」（Global Ocean Treaty）的「第三次政府間會議」，有超過來自全球190個國家的代表，共同討論公海生物多樣性保護和永續利用的問題。會議協商的重點是能否成立「全球海洋公約」。未來的聯合國大會能否通過，備受矚目。
台灣並沒有任何人參與這些國際保育組織的活動或出席過相關的會議，目前台灣只關心及參加RFMOs去談判爭取漁民在公海上捕魚的配額，或配合遵守責任制漁業的規範，及取締及管理IUU漁業，但台灣的漁船違規捕魚的事件仍屢有所聞。
其實台灣更應關注的是一旦聯合國通過保護公海漁業資源的相關法規，或在公海上成功劃設了一些MPA，則佔台灣海洋漁業總產量達70%的遠洋漁業勢必要被迫萎縮，因此未來遠洋漁業的發展實應未雨綢繆，及早因應。
由於海洋生物的生活史的分布範圍常受到不同海流、底質、水深、水團化學性質而有季節性變化，也都是跨國或跨政治疆界，故需要考慮和鄰國跨國的合作，才能真正發揮保護的效果。因此要能完整有效保護這些跨域的生物，則必須要重視跨界的海洋保護區（Transboundary MPA）的管理及跨國的合作。
目前國際上以有甚多區域性跨國的合作，有時兩國有時多國，如在地中海、加勒比海、珊瑚三角倡議等等。如果這些保護的水域會有主權的紛爭時，則最好的解決方案應是「擱置爭議，共同開發，保育先行」，或是劃設海洋和平公園（Marine Peace Park, MPP）。如「南沙群島」、「釣魚台」及「巴丹島」等重疊經濟水域的爭議等，都是可以朝MPP方向推動的海域。
應建立MPA資料庫上網公開，並與國際接軌
許多國家都有自己的國家海洋保護區系統、資料庫及專屬網站，公開所有資料，並定期出版國家報告。如美國之NOAA網站可透過GIS查詢所有美國MPA的地點、經營管理方式，乃至於生物監測之資料等。國家地理雜誌的海洋網站也彙整登錄了全球各國MPA的數目及所佔領海面積的百分比。
UBC的「大藍海洋（Sea Around Us Project, SAUP）」網站也有各國漁業現況及MPA的數據。但台灣在這些國際網站上不是沒有資料就是資料不正確、不完整。主要是因為台灣並沒有一個海洋保育的專屬機構願意去負責整合國內MPA資料並與國際接軌。
MPA的業務過去的主辦單位是漁業署，但這項業務已移交給於2018年4月成立的「海洋委員會」及其轄的「海洋保育署」來掌管。希望未來海洋保育的業務不會再成為各部會的棄嬰。
有效管理及加強宣導教育，MPA才不會淪為紙上公園
台灣MPA管理成效不彰的原因很多，如告示牌不足、邊界不明、缺乏調查監測、過度的遊憩活動（圖25） 、不能嚴格取締、缺乏權益人及社區居民或漁民的參與與共管機制、民眾守法及保育觀念不足、缺乏劃設MPA之誘因、及執法之人力物力不足、執法之公權力不彰等等。
台灣大多數的MPAs均尚未建立社區自行經營管理的機制。各縣市漁會雖然紛紛爭取「專用漁業權區」之劃設，但均不願朝劃設MPAs之方向來努力。此外，未來應：
（1） 寬列MPA之經費，充實管理之人力物力，或建立由全民來檢舉違法的誘及機制等；
（2） 做好陸地的保育及海岸整合管理（Integrated Coastal Zone Management; ICZM）。因為破壞漁業資源或海洋生物多樣性的原因很多，包括過漁、棲地破壞、污染、入侵種及氣候變遷。管理有效的MPA只能防止過漁及棲地破壞，但卻阻止不了污染、入侵種（壓艙水、附著生物、淺海養殖之外來魚種）及海洋噪音（船舶、震測、爆破、聲納、施工）等所可能帶來的傷害；
（3） 加强海洋保育的教育宣導，包括推廣海鮮指南，改變不當的海鮮文化；讓大家都認識海洋生物除了食用之外，還能在科學研究、生態旅遊、仿生學、生技產業、生質能源等各方面創造更大的商機與財富。若民眾均能守法，不侵入MPA去捕撈，則也無從或無需再去取締。
筆者因從事魚類或海洋生物多樣性的研究長達40年，親眼見到台灣的海洋生物的多樣性正在快速式微，因此早在20年前即開始投入海洋保育的宣導與教育。1997年起在中研院共主辦了四屆「台灣海洋環境大會」，2000年的會議即以「許海洋生物一個安全的家」為主題，開始宣導MPA的重要。但迄今18年來進展仍十分緩慢，歸咎其因應不外乎是業者反對、政府仍停留在重經濟，輕環保的思維、沒有專責的海洋事務及保育機構、民眾對海洋保育的守法觀念不足、缺乏管理的人力與物力等等。
台灣海洋保護區未來應努力的方向
參考MPA的國際進展，未來台灣應積極加強相關議題的研究，建議主要從以下幾方面開展工作：
（1）積極推動海洋保護區的劃設，特別是完全禁漁區。涵蓋不同的生態系、連成網絡、並能有效管理。譬如正在研議中的北方三島、澎湖南方四島、龜山島、綠島、蘭嶼、南沙太平島等離島外，其他的海洋棲地，如深海熱泉、冷泉、海底山等多樣性高或具特殊生物熱點區域（圖28）。
（2）加強海洋生物多樣性的調查研究、長期監測、資料庫的整合開放。
（3）完成台灣MPA策略或行動計畫，並能配合政府的組織再造，確立各MPA管理及取締的權責單位，充實人力物力，以及推動由社區管理及全民來檢舉違法的誘因及機制等等。希望很快地重新尋回台灣豐富的海洋生物多樣性。
（4）能多參與海洋生物多樣性保育的國際會議，並配合聯合國永續發展目標14，愛知目標11，滾動修訂的《生物多樣性行動計劃》的各項內容及績效指標（過漁、棲地破壞、污染、入侵種）持續努力。
（5）海委會／海洋保育署／國家海洋研究院雖然剛成立，但已在2019年11月完成「海洋基本法」的制訂及公告。目前正積極研擬「海域管理法」及「海洋保育法」。在後法所研擬的要點中，包括訂定整體海洋保護區的管理計劃，可劃設「海洋庇護區」並做分區管理；同時加強海洋生物多樣性的保育復育、調查監測、經營管理以及教育宣導的工作。希望這項對台灣未來海洋保護區最為重要的立法工作能夠早日完成，能夠獲得足夠的人力和物力，順利達成海洋保育署以「潔淨海水」、「健康棲地」及「永續資源」的目標和使命。
