2010年1月初至2月間，為了抗議日本捕鯨船在南極海域捕鯨，美國「海洋牧者保育協會」（Sea Shepherd Conservation）的抗議船多次與捕鯨船發生衝突，包括船體衝撞，一艘抗議船斷成兩截。2月15日，該協會反捕鯨人士趁暗夜登上日本捕鯨船，紐西蘭籍的抗議船船長皮特．培森(Peter Bethune)遭到逮補。不久後，日本控告該協會成員非法入侵、攜帶武器以及傷害等五項罪名，並對該協會創辦人發出通緝。
海洋牧者保育協會創辦人，加拿大籍的沃森（Paul Watson）表示，澳洲當局應當調查此一事件，因為它發生在澳洲南極領土的水域內。「他被控損毀船上財物，登船時在一個漁網上割一了個洞，而這艘船撞沉了我們價值300萬美金的船，」沃森說。
反捕鯨人士是抗議日方自1987年以來，以科學研究的名義在在北太平洋及南冰洋鯨魚保護區（Southern Ocean whale sanctuary）捕獵鯨魚，避開1986年生效的全球商業獵捕禁令。
沃森表示，在2009-2010年南冰洋的捕鯨季節中，3艘護鯨船所進行的護鯨行動，拯救了528隻鯨魚，而日本政府當時核發了935隻小鬚鯨，50隻瀕危長鬚鯨以及50隻瀕危座頭鯨的捕撈許可。日本的「研究船」至少捕獲1隻長鬚鯨，與506隻南極小鬚鯨。
「即使只殺一隻鯨魚都違反了國際保育法，」沃森說。「除了保護鯨魚個體，我們也捍衛南大洋鯨魚保護區的完整性。從日本或是其他地方來的捕鯨船沒有在鯨魚保護區內合法捕殺鯨魚的權利。」
捕鯨船與抗議船的激烈衝突，加劇澳洲近兩年來反捕鯨的高漲輿論，當時的澳洲總理陸克文（Kevin Michael Rudd）向來反對日本捕鯨，在此次事件後，更提高分貝向日本喊話，表示因日本每年在南冰洋的捕鯨行為違反了商業捕鯨禁令，因此威脅向海牙國際法院提出正式訴訟，希望永久禁絕日本捕鯨活動。6月初，澳洲正式提出訴訟，日本政府對此表示遺憾。
6月中，國際捕鯨委員會（IWC）在摩洛哥阿加迪爾（Agadir）召開年會，雖然日本與澳洲的對峙引人矚目，但眾人眼光更關心捕鯨禁令可能解除的議題。會議中原本有一個提案，建議以開放捕鯨禁令，改採額度限制來減少獵殺數目，此提案獲得紐西蘭與美國的支持，WWF、綠色和平和皮尤環境組織（Pew Environment Group）也曾聯合發表聲明，表示如果在某些條件下，他們願支持解除禁令。然而此提案最終破局，全球捕鯨禁令與日本以科學研究名義捕鯨的現狀，仍要再持續一年。
下半年日本則有兩起針對反鯨人士的判決。7月7日，日本東京地方法院一審判決海洋牧者保育協會抗議船船長培森有期徒刑2年，緩期5年執行。此判決已比預料中的輕，培森原本可能面臨15年的監禁。9月6日，日本青森法院判處「日本綠色和平組織」兩名成員1年刑期、緩刑3年。綠色和平兩位成員是在2008年侵入當地一家宅配公司，竊走一箱重23公斤的鯨魚肉。
12月15日，經過半年以上的考慮，紐西蘭政府正式宣佈，將與澳洲在反捕鯨國際訴訟過程中合作。而12月也是南冰洋的「捕鯨季」的開始，日本的捕鯨船隊已前往捕鯨，海洋牧者保育協會的抗議船再次集結，新一波衝突蓄勢待發。
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