微量成分中，對台灣地下水資源威脅最大的是硝酸鹽。硝酸鹽的來源可能是農業化肥、生活污水、化糞池污水等含氮物質。彰化的田中、二水，雲林的斗六、古坑，屏東的建興、萬巒，台中及南投一帶地下水中的硝酸鹽都有日漸增加的趨勢。因為這些地區的地層以礫石層為主，透水性佳且缺乏泥層隔絕，污染很容易隨地下水流動。
飲水中含硝酸鹽所造成的危害，於高濃度（>10 mg/l、以氮計）時，可能造成孕婦流產及新生兒藍嬰症（缺氧致死）；中濃度（1~10mg/l）時可能會致癌。目前環保署的飲用水水源標準硝酸鹽氮濃度為10 mg/l。
硝酸鹽污染逐漸擴大
沒有隔絕層的地下水硝酸鹽污染不只是台灣的問題，只要是農業發達、大量施用化肥的國家都會遭遇，歐、美、日本亦然。根據美國地質調查所(USGS)與美國環保署(USEPA)的調查資料，在已調查的2,106個地下水區中，有195個是屬於高度危險，佔約9％，有701個是中度危險(16％)。
在台灣有多少人的飲水中含有硝酸鹽呢？估計大約50萬人，台中市的飲用水源非地下水，所以有100萬人口不算在內，但台中地區近年受到921地震及颱風，地面水庫屢受損壞。如果將來有一天，被迫不得不抽用地下水時，才發現污染實在太過嚴重，就為時已晚。
